《本草蒙筌》对后代中药炮制的发展产生了较大影响，陈嘉谟对加入辅料炮制药物所起的作用作了明确的论述，除了介绍古代及当代经验外，还常提出自己的独创见解。一些宝贵经验在李时珍的《本草纲目》、缪希雍的《炮炙大法》中均被全文辑入。中药炮制是否得法，直接影响中药的临床疗效，陈嘉谟第一次在理论上提出了炮制原则：“凡药制造贵在适中，不及则功效难求，太过则气味反失。”火候是中药炮制领域中核心的基础理论之一，他总结前人用火经验，吸取当地烹调用火方式，首倡“紧火”的运用，紧火者，即持续猛烈之明火。 明代以前对中药炮炙方法分类的资料比较缺乏。为了便于掌握运用各种炮制方法，陈嘉谟把炮制方法作了概括性的归纳，提出了三类方法：“火制四：有煅、有炮、有炙、有炒之不同；水制三：或渍、或泡、或洗之弗等；水火共制造者，若蒸、若煮，而有二焉，余外制虽多端，总不离此二者。”这就是中药炮制方法分类的开始。