1998年，其编剧、导演的作品——《征婚启事》，以女性视角描绘了台湾男性的众生百态图，并凭借此片获得35届台湾电影金马奖“最佳导演”提名。期间，他受台北市政府之托，成功创办了两届“台北电影节”。

1999年，陈国富开始了与美国哥伦比亚电影公司的合作。

2000年，他正式担任哥伦比亚电影公司亚洲区制作部总监，负责华语片的开发和制作，正式转向幕后。

2002年，由其编剧、导演并监制的惊悚电影《双瞳》，采用侦破片的样式，营造了悬疑、恐怖、神秘的氛围。在台湾票房近4000万新台币，成为当年台湾电影的年度票房冠军，创下台湾惊悚类型的开画票房纪录。

自2004年，陈国富的工作重心逐渐转入两岸三地华语电影的整合与开创。

2006年之后，他与华谊兄弟电影制作公司合作，担任电影总监制。于七年中监制了共14部影片，其中10部票房过亿。

2009年，其导演的谍战影片《风声》(与高群书合导)，取得了2.3亿的票房成绩。

除了一系列商业片的制作外，他也于2011年出品了公益系列纪录片——《遥远星球的孩子》，探讨孤独症孩童及其家人的处境。

2010年，陈国富与徐克、刘德华、刘嘉玲等合作、监制的《狄仁杰之通天帝国》，票房收获3亿。

2012年，陈国富监制了斥资2.2亿元，启用两集连拍连映的罕有制片模式的《太极1：从零开始》《太极2：英雄崛起》。

2013年，陈国富再次与徐克合作，监制了赵又廷、冯绍峰、林更新、Angelababy主演的《狄仁杰之神都龙王》，票房过6亿。同年，陈国富结束了与华谊兄弟的七年合作，开始了又一轮创新的工作模式，他成立“工夫影业”，标榜将继续探索“电影的原创性和市场的可能性”，并成功当选为中国影协第九届理事。

2014年，陈国富监制新作三部将先后开拍。其中，与蒋勤勤、孙茜等合作谍战片的《一号目标》于5月23日上映，与乌尔善再度合作的《鬼吹灯之寻龙诀》备受瞩目，这部耗资数亿的魔幻制作预计将于2015年12月18日上映。

2016年8月，担任奇幻喜剧电影《二代妖精之今生有幸》监制。

2018年，在第20届台北电影节颁奖典礼获得“杨士琪卓越贡献奖”。

2021年2月12日，监制电影《侍神令》上映。6月7日，出任第24届上海电影节项目创投年度推荐主席。

2022年7月28日，2022海浪电影周官宣艺委会主席及艺委会委员，陈国富担任艺委会委员。

2024年6月，担任2024海浪电影周官宣艺委会委员。

1994年，陈国富邀请刘若英出演电影《我的美丽与哀愁》演，该电影不但促成了刘若英荧幕首秀，两人更因为合作由陌生到熟悉，从朋友到暧昧，最终发展成恋人。之后，刘若英凭借陈国富的作品《征婚启事》、《双瞳》，先后问鼎亚太影后和金像奖“最佳女配角”。刘若英苦等陈国富10多年，却迟迟等不到陈国富正面回应。2011年，两人的感情，最终结束。

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内地电影真正的监制制度，就是从陈国富开始的，他会对剧本提很具体的意见，而不是像有的监制批复“主题有点弱，冲突不够尖锐”之类的空话（冯小刚评）。

“陈国富导演属于一个全才的监制，他从原创开始到最后营销都会贡献他的经验。我觉得一路走来这是一个成功的商业模式。”（华谊兄弟影业公司总裁王中磊评）。

他懂得电影的艺术制作规律和商品生产流程，是能打通产业任督两脉的人，他穿针引线，用“监制+导演”模式激活了华语电影的生产关系，并解放了导演们的生产力（《商业周刊》评价“陈国富效应”）。

陈国富的电影创作不会止步于“主流超级大片”。作为一个行事一贯低调、成绩却屡屡惊人的远来的“台湾和尚”，陈国富一直被冠以“电影巫师”、“金牌推手”、“幕后功臣”这些不吝溢美之词的头衔，他有着成功电影项目的“金手指”；但在大众视线和评论之外，光环下的他永远带着“特立独行”的气质，他多次表示，电影的喧嚣繁华终将散去，唯一重要的是创作灵感和内心的声音。相比较“电影传奇人物”，他更象是艺术家，只是有点执着，有点不羁罢了（《收获》杂志评）。

从第一部作品开始，陈国富对女性的细微体察就从来没有停止过，从《国中女生》中对台北问题少女的现实关注，到《我的美丽与哀愁》对女同志恋情和姊妹情谊的大胆演绎，再到《征婚启事》对现代都市女性的情感困境的深刻呈现，他的电影几乎都具有一种女性视角和女性特质（新浪娱乐评）。