陈奉在各个郡邑布列税官，很小的市镇也派去税官五到七人。这些税官把当地富户的名单开列给陈奉，然后以种种借口向富户要挟勒索，如说富户的墓地、房宅、田产下有金矿，要掘地开采；说富户挖到了古文物匿不报官；说富户非法藏有违禁御用物，等等，均无中生有，胡乱编造。有的税官甚至公然抄没自己仇家的家财，献给陈奉。这些富户无处申诉，只得倾家行贿陈奉求免。

小贩或农民进城镇卖鸡、肉、蔬菜，亦遭到税官的抢掠。税官到百姓开的酒食店吃东西，店家连钱都不敢收他们的，以致通都大邑出现一片荒凉沉寂景象，商贾困于苛重的杂税，不敢照常营业；农夫则为无法完纳的欠税所苦，处处民不聊生。

陈奉每次出巡，都鞭挞地方官吏，抢劫过往商旅，引起了商民普遍的愤恨。他们乘陈奉从武昌到荆州时，聚集数千人在路上，向他示威，争着用瓦石掷他，陈奉狼狈逃脱。陈奉以前在荆州榷税时，他的仆人骑马一直冲到府署，受到荆州推官华钰的笞打，陈奉因此深恨华钰。

陈奉的任务只是收江税，但他自己又加收市税，而且是加倍征收，谁敢稍与税役争辩，一定遭到痛打，以致商贾恐怖逃匿，行商不敢上路。华钰将这些情况向御史报告，要求缉拿这些非法的税使。陈奉准备收沙市税，黄州团民镇税，他派出的税吏均被当地百姓赶逐。

陈奉怀疑是华钰主使，便以阻挠征税的罪名逮捕了几十人，诬襄阳知府李商耕、黄州知府赵文炜、荆州推官华钰、荆门知州高则巽、黄州经历车任重等煽乱。明神宗遂下令逮捕了华钰、车任重，谪李商耕等的官。

兴国州奸徒漆有光胡说居民徐鼎等发掘了唐朝宰相李林甫妻杨氏的墓，得黄金百万。腾卫百户仇世亨正式上报。神宗令陈奉将这些黄金全部收进内库，陈奉便毒刑拷打居民徐鼎等，责令交出，并趁势把境内的坟墓都掘开了。

巡按御史王立贤查明所掘开的墓主人是元朝吕文德之妻，并非李林甫的妻子，奸徒所说不过是胡言乱语，请求不要再追究，并停止挖掘其他墓。陈奉置之不理，亦不上报。

二十七年(1599)十二月初

陈奉的种种暴行终于激发了武昌的民变。陈奉自己在奏疏中说：有武昌居民千余人，在二十七年(1599)十二月初二集中到抚按衙门前击鼓控诉，手持竹竿棍棒，涌进衙门，抛砖丢石。

他自己身中砖石，在救援的官兵赶到时，才仅以身免，而司房参随等人尽被打至重伤，门窗舆轿、桌椅杂物全部被焚毁。

奏疏中陈奉也承认“愁苦之民思乱已久”，却未敢把这个账挂到自己头上。

二十八年(1600)二月

对于这次武昌居民反对陈奉的民变，南京吏部主事吴中明的奏疏中，有比较详细的叙述。二十八年(1600)二月，吴中明在奏疏中说他对这次民变作了调查，人们都说是陈奉激起的。

陈奉和他的爪牙韦千户打着“搜税”的名义，诈骗官民之家，在武昌、汉阳骚扰得尤其厉害。如常乡官、周乡臣等官宦之家，都是陈奉突然去到那里，然后让人通报，诈称千岁爷爷要奏请抄家，勒索人家拿出千金才走。

如果是一般生员之家，则韦千户前往；如果是一般商贾市民之家，则委官刘之良等前往，都以抄家来恐吓，各勒索数千百金，总计不下十余万。家稍贫不能满足他们要求的，就冲入室内搜索，甚至以妇女身上藏有金银为借口，恣意污辱妇女，或把妇女抢入税监府内，以至士民无不怨恨入骨，官府也无可奈何。

王生员的女儿、赵生员的妻子都受到污辱，激起众生员公愤，共同前往控诉。其他受害士民万余人亦涌至，放声大哭，拼死打入税府抛砖放火，要与陈奉同归于尽。

直至抚按司府官员赶到弹压，陈奉左手拉着巡抚，右手挽着巡按喊救命，群众仍然不散，终于在陈奉府中搜出被抓妇女三人。

陈奉见众怒难犯，便卸罪于刘之良等爪牙的头上。如此人情汹汹，怨声沸腾，按臣只好在卧房内陪着陈奉，抚臣在二门坐镇，三司在大门镇守，调兵防卫了几天，变乱的百姓才逐渐散去，而巡抚支可大仍然包庇陈奉，为之解脱事后，大学士沈一贯等奏称：陈奉入楚以后，先是武昌、接着汉口、黄州、襄阳、武昌、宝庆、德安、湘潭等处相继发生民变，必须迅速撤回陈奉，才能安定楚民之心。神宗竟置之不理。

二十九年(1601)正月

陈奉再使人开谷城矿，无所得，便要挟要取库金，被谷城县老百姓轰走了。武昌民变时，兵备佥事冯应京逮捕了陈奉的爪牙，绳之以法。陈奉大怒，假装馈送食品，把黄金放在里面，企图收买冯应京。冯应京却对此事作了揭发，陈奉恼羞成怒。

二十九年(1601)正月，设宴请诸司官员，用武装士卒千人自卫，然后发火箭焚民居。百姓成群涌到陈奉门前，陈奉指使爪牙殴打百姓，许多人死后还被肢解，掷尸路上。冯应京遂抗疏劾陈奉十大罪，陈奉反诬冯应京阻挠皇命，凌辱敕使。神宗大怒，令降冯应京杂职，调到边疆。

二十九年(1601)三月

陈奉开枣阳矿时，知县王之翰以该地接近显陵，坚决反对。陈奉便劾王之翰及襄阳通判邸宅、推官何栋如以及曾试图救助冯应京的一些官员。缇骑到武昌逮捕了这些人，并追逮冯应京。冯应京任职期间对百姓比较关心，百姓见到他被逮捕，相率痛哭，送他上路。

陈奉却在大街上到处张贴通告，罗列冯应京的罪状。士民更为愤怒，二十九年(1601)三月，再次暴动，相聚围陈奉公署，誓杀陈奉。陈奉从后门逃跑，藏到楚王府中，暴乱的百姓将陈奉的党羽耿文登等十六人捆缚起来，扔进长江；以巡抚支可大保护陈奉，烧了他的辕门。

陈奉却又秘密派遣自己的走狗参随三百人带上兵丁，追逐射杀群众。冯应京在槛车中劝说，百姓才散去。

武昌再次民变的情况传到京师后，有两个多月朝廷不敢派人去武昌侦查。吏部尚书李戴与众官员共同上疏，指出镇抚司所监禁的生员和官犯，一半是因陈奉诬奏而被逮入狱的，请求释放他们。沈一贯及给事中姚文蔚等亦请求撤陈奉回京师，但他们的奏疏都被扣压不报。

这时御马监监丞李道正督理湖口船税，也上疏揭发陈奉在水路阻截商船，在陆路拦截贩运商人，敲诈勒索，以所得的三分之一放进自己腰包，要求神宗调走陈奉，以平息商民的怨骂。神宗这才在四月下旨：“其湖广店租及开矿、铸钱、钱粮等项，着守备内官杜茂兼管，陈奉着该抚按差官伴送回京处分。”

陈奉在湖广两年，搜刮了大量金银财宝。支可大恐怕百姓拦截，派兵护送他出境。陈奉回到京师后，给事中陈维春、郭如星再次揭发他的罪行，被降杂职，支可大被革职。冯应京在三十二年(1604)才被释放，而王之翰终于死在狱中。