次年，因与郑成功有矛盾，陈宝钥惧得罪，自泉州降清。清廷以监司用，清顺康之际，在青州海防道任。康熙元年壬寅(1662年)，吴三桂弑永历于云南，明统绝祀。郑成功、李定国以忧愤卒。清廷委陈宝钥招降南明残部，同时命后来曾为曹寅老师的周亮工代之。陈宝钥后来又任江南驿传盐驿道，兼扬州钞关。康熙九年(1670年)，赴贵州粮驿道任。吴三桂反清，陈宝钥从之，被委以按察使之任。

康熙十八年(1679年)二月，复降于清，回乡终老。有《陈绿崖诗集》传世，乾隆时被列入《禁毁书目》。