《陈垣史源学杂文》，人民出版社，1980年10月。

《陈垣学术论文集》第一集（陈智超编），中华书局，1980年6月。

《陈垣史学论著选》（陈乐素、陈智超编校），上海人民出版社，1981年5月。

《陈垣学术论文集》第二集（陈智超编），中华书局，1982年2月。

《道家金石略》（陈智超、曾庆瑛校补），文物出版社，1988年6月。

《陈垣来往书信集》（陈智超编注），上海古籍出版社，1990年6月。

《陈垣早年文集》（陈智超编），（台）中央研究院中国文哲研究所中国文哲专刊，1992年7月。

《陈垣先生往来书札》（陈智超编），中央研究院中国文哲研究所筹备处，1992年8月。

《陈垣学术文化随笔》（陈智超、曾庆瑛编），中国青年出版社，2000年11月。

《元西域人华化考》（陈智超导读），上海古籍出版社，2000年12月。

《陈垣先生遗墨》（陈智超、曾庆瑛编），岭南美术出版社，2006年9月。

《陈垣史源学杂文》（增订本，陈智超编注），生活.读书.新知三联书店，2007年5月。

《陈垣〈元西域人华化考〉创作历程——用稿本说话》（全二册，编著），北京图书馆出版社，2008年8月。

《陈垣全集》（全23册，主编），合肥：安徽大学出版社，2009年12月。

《陈垣来往书信集》（增订本，编注），生活.读书.新知三联书店，2010年11月。

《陈垣四库学论著》（陈智超编），商务印书馆，2012年7月。

其他有关陈垣先生著作

《励耕书屋问学记：史学家陈垣的治学》（陈智超编注），生活.读书.新知三联书店，1982年月；

《励耕书屋问学记：史学家陈垣的治学》（增订本，陈智超编注），生活.读书.新知三联书店，2006年11月。

合著合编论著

《历史的审判：“四人帮”影射史学剖析》（陈智超、何龄修、黄宣民、曹贵林、郭松义、刘永成著），中国社会科学出版社，1979年8月。

《中国古代史史料学》(陈高华、陈智超等著)，北京出版社，1983年1月。

《中国史稿》第五册（五代宋辽金元部分，吴泰、陈高华、陈智超、郦家驹著），人民出版社，1983年6月。

《中国封建社会经济史》第三卷（陈智超、乔幼梅主编），齐鲁书社、文津出版社，1996年11月。

《中国古代史史料学》(修订本，与陈高华等合著)，天津古籍出版社，2006年9月。

古籍整理

《古代中越关系史资料选编》，中国社会科学院历史研究所《古代中越关系史资料选编》编辑组著，中国社会科学出版社，1982年5月。

《名公书判清明集》，中国社会科学院历史研究所宋辽金元史研究室点校，中华书局，1987年1月。

《宋会要辑稿补编》（徐松辑，陈智超整理），全国图书馆文献缩微复制中心，1988年6月。

《旅日高僧东皋心越诗文集》，中国社会科学出版社，1994年1月。

《旅日高僧隐元中土来往书信集》（陈智超、韦祖辉、何龄修编），中华全国图书馆文献缩微复制中心，1995年3月。

《嘉靖中浙江福建地区反对葡萄牙殖民者的斗争》，《北京大学学报》1963年第1期；

《中国封建社会的农民具有“自由人身份”吗？》（合著），《新建设》，1965年第5期；

《孙中山对于中国历史前景的重要预见》，《光明日报》1965年6月2日《史学》副刊；

《关于农民战争反封建性质的问题》（合著），《新建设》，1965年第11、12期；

《“四人帮”影射史学批判》（黄宣民、陈智超、何龄修、曹桂林），《郑州大学学报》，1978年第3期；

《批判“四人帮”利用历史反党的反动口号——“儒法斗争继续到现在”》(黄宣民、陈智超、曹贵林)，《社会科学战线》创刊号，1978年；

《关于中越关系史研究的若干问题》，《中国史研究动态》，1979年第1期；

《李曾伯与静江城的修筑》，《文物》，1979年第9期；

《史料的搜集、考证与运用——介绍陈垣同志的治学经验》，《人民日报》1980年3月27日，《新华日报》（文摘版）第6期、香港《大公报》4月16日转载；

《陈垣学谱（初稿）》，《社会科学战线丛刊》1980年第1期，香港《广角镜》97期转载；

《史学家陈垣传略》，《晋阳学刊》，1980年第2期，后收入《中国现代社会科学家传略》第1辑，山西人民出版社，1982年；

《陈垣同志遗稿的保存和整理》，《中国史研究动态》，1980年第6期；

《〈旧唐书〉一误》，《文史》第9辑，中华书局，1980年；

《陈垣与历史教学》，《历史教学》，1980年第10期；

《跋〈鉴真和上失明事质疑〉及〈致廖世功(叙畴)函〉》，《社会科学战线》，1980年第4期，《新华文摘》1981年第1期转载；

《〈宋会要辑稿〉复文成因补析》，《中国史研究》，1982年第1期；

《〈宋会要辑稿〉遗文、广雅稿本及嘉业堂清本的再发现》，《中国史研究动态》，1982年第1期；

《〈道家金石略〉校补前言》，《世界宗教研究》，1984年第4期；

《〈宋会要辑稿〉的前世现世和来世》，《历史研究》，1984年第4期；

《〈袁氏世范〉所见南宋民庶地主》，《宋辽金史论丛》第一辑，中华书局1985年8月；

《〈宋会要辑稿〉校勘札记》，《文献》，1986年第2期；

《〈宋会要辑稿〉整理工作取得进展》，《史学情报》，1986年第3期；

《〈宋会要〉食货类的复原》(上) ，《文献》，1987年第2期；

《〈宋会要〉食货类的复原》(下) ，《文献》，1987年第3期；

《〈名公书判清明集〉日文译注本评介》，《中国史研究动态》，1987年第4期；

《论〈宋会要〉辑本的复文》(上)，《文献》，1988年第3期；

《论〈宋会要〉辑本的复文》(下)，《文献》，1988年第4期；

《〈宋会要辑稿补编〉的价值与整理》，《古籍整理出版情况简报》总第192期，1988年；

《〈中国历史研究法〉陈垣批语选录》，《梁启超研究》，1988年第10期；

《〈近代中越关系史资料选编〉评介》，《广西社会科学》，1989年第3期；

《陈垣早年著作初探——纪念陈垣先生110周年诞辰》，《五邑大学学报》，1990年Z1期；

《〈宋朝诸臣奏议〉及其点校本》，《中国典籍与文化》，1992年第2期；

《父亲和〈宋史艺文志考证〉》，《暨南学报》，1992年第3期；

《陈元光与闽南开发》，俞兆鹏、陈智超，《南昌大学学报》，1993年第3期；

《〈宋朝诸臣奏议〉点校本序言》，《中国史研究动态》，1993年第6期；

《郑成功致隐元禅师信在日发现记》，《法音》，1993年第8期；

《黄宽重》，《中国史研究动态》，1994年第2期；

《史学应用高科技的前景》，《中国史研究动态》，1994年第4期；

《不能忘记历史——评〈毛泽东晚年过眼诗文录〉》，《北京农业工程大学社会科学学报》，1994年Z2期；

《继承优秀传统创造光辉未来》，邓广铭、陈智超，《中国图书评论》，1995年第1期；

《〈宋会要〉的利用与整理》，《文献》，1995年第3期；

《宋刻〈续资治通鉴长编〉影印本序》，《中国史研究动态》，1995年第11期；

《张名振批点本〈皇明资治通纪〉》，《中国史研究动态》，1998年第4期；

《新发掘出的徽州文书———方元素信件介绍》，《安徽师范大学学报》，1998年第4期；

《〈旧五代史〉辑本之检讨与重新整理之构想》，《史学史研究》，1999年第4期；

《新发掘出的徽州文书——方元素信件介绍》，《中国史研究动态》，1999年第1期；

《契丹古尸分子考古学研究》，吴东颖、马素参、刘春芸、杨焕明、刘凤翥、陈智超、李锡厚，《云南大学学报》(自然科学版) ，1999年S3期；

《〈美国哈佛大学哈佛燕京图书馆藏明代徽州方氏亲友手札七百通考释〉导言》，《中国史研究》，2000年第3期；

《〈两宋文化史研究〉评价》，《中国史研究动态》，2000年第8期；

《父与子——纪念父亲乐素先生百年冥寿》，《中国史研究动态》，2002年第11期；

《陈垣与史源学及〈日知录〉研究——〈日知录校注〉编者前言》，《安徽大学学报》，2007年第3期；

《杨继盛〈请诛严嵩疏〉稿本考》，《紫禁城》，2007年第8期；

《千古师生情》，《民主》，2008年第1期；

《〈元西域人华化考〉创作历程》，《文献》，2008年第3期；

《四论今本〈建炎以来系年要录〉的原名——史学方法论个案》，《中国史研究》，2009年第1期；

《蔡守、谈月色赠陈垣梅石图》，《中国书画》，2010年第4期；

《从〈陈垣来往书信集〉谈书信的价值与利用》，《书城》，2010年第7期；

《俞兆鹏新著〈史林杂俎〉评价》，《中国史研究动态》，2010年第8期；

《古籍鉴别的几个问题——以文献内容为中心》，《中国典籍与文化》，2011年第2期；

《中国美术史文献的搜集、解读与利用》，《中国书画》，2012年第6期；

《〈旧五代史〉诸志标准本的论证》（陈智超、郑庆寰），《江西社会科学》，2012年第8期。