他任职后，清理积案，平反冤狱，兴办学校，做了不少“善政”。和平县岭岗山区有江月照、叶英等领导的农民起义军非常活跃，陈源湛诱骗起义军上当，“设计歼之”，残杀了很多人，把坚持多年的农民起义队伍镇压下去。陈源湛以为自己对朝廷有功，应当“叙功当上赏”。不料上司有人“攘而蔽之”，大功被他人独贪，他只落了一个高州府通判的份，因而就不安心。明万历二十九年，上司又把他调到广西的梧州，仍当通判。他看透了官场的腐败，就以养病为名，辞官回到永安。在参观栟榈书院时，了解到宋朝李纲和邓肃爱国忧民的事迹，他也要“仿李忠定(纲)邓栟榈(肃)故迹”，为人民做点好事。他在栟榈山对面，把天然的一线天加以修整开凿，以供人游览。他深受陶渊明的思想感染，尤其赞赏《桃花源记》中的境界，因而把他献资开发的一线天，取名为桃源洞。在桃源洞口的题诗中有句云：“武陵人远桃空在，临眺踌躇意未休。”陈源湛著有《四礼四缄》一书，现佚失。