1939年春，乐清县国民党当局破坏抗日民族统一战线，蓄意制造事端，迫害进步人士，形势逆转。陈爱中辞去乡队副职，任中共龙避岙支部书记，不久，任县委交通，后又担任中共大荆区委宣传委员。10月，大荆区因地理环境关系，领导不便，划分两个区，陈爱中任中共里山区委书记。

1940年4月，陈爱中调任芙蓉区委书记。8月，台属特委机关搬至芙蓉，芙蓉区划为直属区，陈爱中改任芙蓉直属区委书记。翌年1月，陈爱中任中共乐清县委委员、组织部长兼芙蓉区委书记。芙蓉区下属十多个支部，有党员300余名，群众基础较好。陈爱中依靠广大党员和积极分子，出壁报，办训练班，组织巡逻队缉私，发动农会开展减租斗争，整个芙蓉区的抗日救亡工作搞得非常出色。

1941年5月，陈爱中奉命前往大荆新坊村，对伪保长陈礼卿积极筹集枪支，妄图配合顽固派“清乡”的情况作了周密细致的调查，为邱清华智取陈礼卿的枪支提供了可靠的情报。6月，陈爱中又参加了县委组织的三个锄奸小组，坚决及时地处决了叛徒林景钟，为芙蓉区党组织清除了隐患。7月，瓯江特委撤销，乐清再次划归台属特委领导。陈爱中亦于此时调往台属特委工作，任政治交通，负责与省委联系。1942年1月，陈爱中兼任大荆区特派员。不久，原温岭县委书记陈方汀叛变，党组织遭到破坏。陈爱中一面积极、迅速地整顿和恢复党组织，开展党的工作；一面又要警惕地躲避敌特的跟踪追捕。有时由于目标暴露，陈爱中不得不潜居深山冷岙，与青山作伴，野兽为邻，过着原始人般的生活。同年5月，台属特委刘清扬令陈爱中以大荆区为基础，整理党的组织，陈爱中受命担任中共温岭县大荆区特派员。

1942年秋冬，中共中央华中局决定，将台属党组织划归浙东区党委领导，台属领导刘清扬、王槐秋等均调四明山区工作。台州南区（包括黄岩、温岭、乐清和大荆等地）党的工作，确定由陈爱中负责。次年春，陈爱中、刘清扬接通知，经六七天的长途跋涉，通过几道封锁线，绕道三天，来到四明山。

1942年11月，刘清扬、 王槐秋等任命陈爱中为台南地区负责人。陈爱中曾在1943年前后到黄岩金清和温岭横河一带活动。1943年春节后，他派项昌觉到金横地区工作。

1943年3月，陈爱中赴四明山参加浙东区党委举办的第一期党训班学习。6月被浙东区党委留在四明山区工作，任中共（余）姚慈（溪）县沿江区特派员。8 月任中共沿江区委书记，以半公开的游击方式发展党的组织，组织农会，开展反抢粮，实行“二五”减租等工作。

1944年1月任中共鄞（县）慈（溪）县委组织部部长，负责领导秘密工作系统。后任中共四明地委慈南区委书记、武陵区委书记。1945年1月任鄞慈县农会副会长， 带领工作队整顿党的组织，筹建消费合作社，发动群众救济春荒等。 同年4月中共鄞慈县委撤销后，调任中共鄞县县委组织部部长。

1945年9月，新四军浙东游击纵队奉命北撤，陈爱中留守浙东， 任鄞县特派员，带领地下党员在鄞奉交界的十八级岗上搭起草棚，坚持斗争。

1946年9月任鄞慈镇地区特派员。他根据党组织的安排， 在宁波组成假家庭，建立宁波县学街公平柴行与江北美袜厂两个地下联络站，开展三北平原地区的恢复工作。同年12月任鄞慈县特派员。

1947年1月任四明工委委员，采取多种巧妙办法，坚持进行反 “清剿”斗争。

1947年4月12日，由于叛徒叶良益的出卖，陈爱中在宁波公平柴行联络站工作时，遭国民党特务逮捕。与陈爱中同日逮捕的还有冯和兰、吴家安和张荣源三同志。国民党以为抓住陈爱中，可以得到当地中共组织的机密，进而破获整个四明地区的党组织，于是，便在15日即将陈爱中等押解杭州，先由浙江省保安司令部羁押审讯，后由特种刑庭审讯。

1947年11月6日，陈爱中在宁波江北岸草马路刑场英勇就义。

1945年9月底，新四军浙东游击纵队奉命北撤。浙东区党委留下少数干部坚持四明地区的斗争。陈爱中受命任中共鄞县特派员，率领十几名脱产的地下党员，隐居山舍，活动在鄞慈、鄞奉边界，树立党的旗帜，保存实力，以待时机。

新四军浙东主力北撤后，在鄞西的原伪十师进驻宁波，摇身一变，改编成所谓国军，又回到鄞西布防。同时，国民党成立各级“清乡委员会”，并调遣一、二个征规师，还有浙保第一团和地方杂牌军，共三万余人，发动了多路进攻，对四明山根据地分头合围，疯狂叫嚣“三月清乡，六月消灭”。“浙保”、“鄞警”在主要道口设立据点，并普遍成立乡自卫队，到处刺探中共党组织活动的情况，烧山并村，伏击搜查，还冒充新四军浙东纵队三十五支队拘捕群众。面对压境强敌，陈爱中率领同志们跳出包围圈，分散隐蔽，回避敌人锋芒。吕云洲因浑身生疥疮，行动不便，留在山上“公馆”(草舍)，12月11日被敌包围，中弹牺牲。陈爱中身边的几个同志思想一度混乱，情绪低落，为此，陈爱中组织大家在山上草舍开展思想整风，布置每个同志回忆反省，写出自传。他自己就带头撰写出长达万字以上的“陈爱中自传”，从而稳定情绪，坚定了同志们的斗志，终使敌人“清乡”计划破产。外出隐蔽的同志，陆续回到山区，继续坚持斗争。

1946年1月，由于中国共产党和国民党一度达成停战协定，浙东地区形势和全国一样，亦曾有所缓和。不久，国民党的六届二中全会又彻底推翻政协决定，斗争又趋紧张。陈爱中根据上级党组织的批示，利用曲折发展的形势，抓住有利时机，决定陆子奇去平原隐蔽，自己与王圣章开辟樟水区，以樟水为据点，展开周围地区党的活动，并帮助金声恢复鄞江区的工作。在此期间，陈爱中与坚持四明地区的同志在鄞奉交界的十八级岗上，搭起草棚，建成一直为后人所赞叹的“永安公司”，以玉米、番薯及野菜为食，坚持与强敌斗争。

为适应斗争需要，便于开展工作，陈爱中将鄞西划为山区和平原两个区，自己亲自兼任山区区委书记。他对地下党员逐个考察、接上关系，恢复和建立了农村基层党组织。9月间，刘清扬、陈布衣、陈爱中、朱洪山等在“永安公司”开会，决定鄞西与慈南合并为鄞慈县，朱洪山为鄞慈县特派员；调陈爱中任鄞慈镇地区特派员(简称宁波特派员)，负责三北平原地区的恢复工作。10月9日晚，陈爱中在离开鄞慈去新地区任职前，率十余名武工队员，处决了翁岩两个为非作歹的国民党特务毛昌德、胡老宾。

在宁波，陈爱中根据四明特派员刘清扬的意见，租赁了西郊路693号一座小洋房，由刘清扬、陆子奇等组织了一个假家庭，还布置地下党员在宁波县学街开设“公平柴行”，与江北美球袜厂同为两个地下联络站，陈爱中以商人为掩护，从事革命活动。

国民党为进一步扑灭四明山的革命火种，部署了所谓的“雪天清剿”计划，陈爱中根据上级党组织的指示，采取多种巧妙办法，坚持与敌人进行反“清剿”斗争。1947年春节，陈爱中率十余人包围了正在细岭祠堂看戏的大皎乡自卫队，在打入自卫队的地下党员叶锦甫里应外合下，一举缴获了自卫队的全部枪支，镇压了凶恶的国民党爪牙。

3月11日，陈爱中率部分武工队员到三北，在赵士炘、沈宏康等当地同志协助下，夜袭镇北国民党窖湖乡公所，缴获步枪14支，子弹300余发，枪毙了作恶多端、侵吞公款的乡总干事沈大毛。这次成功出击，打响了慈镇地区解放战争的第一枪，振奋了人民的斗志，震慑和牵制了敌人，国民党迫不及待地宣布将三北地区划为“绥靖区”，浙保一团亦从四明山拉到三北驻防。

1947年4月12日，由于叛徒叶良益的出卖，陈爱中在宁波公平柴行联络站工作时，遭国民党特务逮捕。与陈爱中同日逮捕的还有冯和兰、吴家安和张荣源三同志。国民党以为抓住陈爱中，可以得到当地中共组织的机密，进而破获整个四明地区的党组织，于是，便在15日即将陈爱中等押解杭州，先由浙江省保安司令部羁押审讯，后由特种刑庭审讯。

在狱中，敌人用酷刑威迫，妄图使陈爱中招供，但陈爱中铮铮铁骨，坚贞不屈，不吐一字；敌人见硬的不行，转而采用软化手段，只要陈爱中自首，不仅可以获得自由，还能得到高官厚禄。但富贵难动共产党人的心，陈爱中横眉冷对，怒斥敌人，戳穿敌人的鬼把戏。

10月28日傍晚，国民党军警神秘地押进一个青年难友，独囚一室。狱警严厉关照：不准与他接触谈话，违者重罚。陈爱中看出其中奥妙，即通知邻近囚室，抛条子给对方，设法探知情况后，才知道那个难友是浙江大学学生自治会主席于子三，因积极领导学生参加“反饥饿、反内战、反迫害”斗争而遭敌逮捕的。次日，陈爱中即秘密送条浙大援救。29日下午6时，于子三被害身亡。陈爱中除设法通知浙大外，连夜发动各监难友，绝食一天，以示抗议。在内外强烈的抗议、声援声中，敌人束手无策，狼狈不堪。

陈爱中领导狱中难友声援于子三斗争一事被敌侦知，陈爱中估计敌人可能会提前下毒手。11月初，他给妻子张荣源递去一张纸团，告曰：我老虎落笼，这些天将要牺牲；过去的口供，你要坚持，组织不会忘记你；弟弟要带他出来革命。

1947年11月6日，陈爱中在宁波江北岸草马路刑场英勇就义。

新中国建立后，党和人民为纪念陈爱中烈士，将其生前工作过的鄞县狮山乡命名为爱中乡，并建造烈士纪念碑亭，镌刻着陈爱中光荣、伟大的生平。

陈爱中的英名长留四明山。他的英勇业绩与四明山同在，千秋万代永垂不朽。