清顺治六年(公元1649年)，陈秉直授平阴知县，后迁晋泉州知府。赴福建泉州后，陈秉直依关东满族城镇形式改造泉州府城，因城郭形肖鲤鱼，故世人称之为“鲤城”，一直延续至今。

后中宪大夫泉州知府陈秉直于清顺治十年(公元1653年)隆冬望月，为志泉州府学耆士、前户部主事、明万历庚子举人陈文晖行状及鲁东文晖书堂“十八士”碑文，巡抚陈秉直为言，谦实老病，乃获免征。

清康熙十三年(公元1674年)，任浙江布政使的陈秉直曾花了大量时间和精力办理宫中药材。后康熙大帝钦赐陈秉直为“巡抚浙江等处地方，提督军务，兵部右侍郎兼都察院副都御史，加至正一品臣”。

清圣祖康熙三十九年(公元1700年)农历12月，陈秉直病卒。