1984年9月-1988年9月，陈肇元任清华大学土木建筑系主任。

1997年，陈肇元当选中国工程院院士。

1986年1月-1998年1月，陈肇元任教育工作委员会主任。

1999年，陈肇元获北京市先进科技工作者。

2020年6月25日，陈肇元因病于北京逝世。

陈肇元长期从事爆炸、撞击作用下防护结构性能与设计方法的理论与实验研究以及混凝土结构性能的研究，取得成果有许多纳入国家设计规范或用于重要工程，在研究推广现代高强、高性能混凝土技术和土钉支护技术，并编制相应结构设计施工规程的工作中也取得显著成绩。近年来主要从事建筑结构安全性与混凝土结构耐久性设计方法的研究，为延长中国土建结构工程的使用寿命主持编制了设计规范等多种指导性文件。

根据2019年12月中国工程院网站显示，陈肇元先后撰写过论文和研究报告300余篇；出版著作8部。代表专著如下：

著作参考资料来源

陈肇元为学生们答疑辅导“结构力学”这门课外，还要讲授“钢木结构”课程；陈肇元致力于学科和专业的拓展工作，增设了建设工程管理专业，新增了城市交通和计算机应用两个教研组，重新开始了“大土木”的专业设置思路。此外，他率先在课程设置上增设了用英语讲授的“结构力学”和“钢筋混凝土”两门主课并采取了一系列创新措施。

2013年9月24日，陈肇元出席由中国科协科普部和共青团中央学校部共同主办的“2013年全国青年科普创新实验大赛”，陈肇元代表大赛组织者向清华大学学生代表授予象征科学梦想传承的徽章，鼓励她坚持科学创新。

1984年，国家人事部授予中青年有突出贡献专家。

1979年，北京市授予科技先进工作者。

1987年，国家人防委授予科研先进工作者。

1988年，国防科工委授予献身科技事业荣誉奖章。

1997年，当选中国工程院院士。

社会任职参考资料来源

从事土木工程研究的人有很多，但像陈肇元这样与国家紧迫需要密切结合并作出成绩，还异常谦虚低调的学者并不多。他把青春献给了土木工程研究，也献给了中华民族伟大复兴的事业。即便如今年过八十，他仍然关心着中国土木工程研究的发展。（中国人民大学韩文鋆评）

陈肇元利用自己的学术身份大力推广他成熟的研究成果，他的工作获得了土木工程界和人防工程界的普遍欢迎。他更是利用这个身份主持并参与编制建设部、交通部、铁道部等多个部门的技术标准和规范达十余种之多，至于国防和人防部门的技术规程的编制和审核更是少不了他。在学术职务方面他更称得上是“不任则已，任则必勤”的。

陈肇元院士为人豁达大度、聪慧勤奋、简约务实、不善辞令。最让人难忘的就是，在他任土木系系主任的4年间工作成绩很大但极少开会，仅在年终手写一份总结分发大家并同时开一个茶话会。这种性格和作风颇得众望，以至于4年届满功成身退之时从校领导到系内同仁多有表示惋惜乃至挽留之意，但都被他谢绝了。他这样的品格实在是难能可贵，也是非常值得我们学习的。当然，也正因为如此，他才是一位令人佩服的院士。（清华大学崔京浩教授评）