2008年9月26日台湾“高检署”特侦组侦办陈水扁家弊案，发动扁家爆发弊案以来最大规模的搜索，并传唤扁家大帐房陈镇慧；检察官认为陈镇慧涉嫌贪污共犯，嫌疑重大，当庭逮捕，向法院声请羁押禁见获准，成了扁案第一个被羁押的被告。

陈镇慧首度被特侦组依贪污、洗钱案被告身份传唤到案，检察官讯问三个半小时，她答讯仍避重就轻。检察官摊出她曾窜改“机要费”支出流向的记帐数据，陈镇慧脸色大变。

陈镇慧担任扁助理逾廿年，长期处理扁家财务，经手金额达数亿。她的帐目记录相当仔细，特侦组扣得她的计算机后，许多重要事证自然浮现，几乎都已理出头绪。陈镇慧一直强调只是受命汇款，相关事证显示她参与扁家洗钱案甚深。

特侦组主任陈云南表示，“检察官没有游说陈镇慧当污点证人”，显示特侦组已掌握相当证据，不必靠游说陈镇慧“窝里反”来巩固事证。

2009年3月11日陈水扁再度到台北地方法院出庭，表示“国务机要费”没有贪污，也没有重复领取，他自己事先不知情，检察官有重大误会，如果有违失，也是会计人员的行政责任，把所有的责任全都推给前“总统府”出纳陈镇慧。

陈水扁把责任推得一乾二净，陈水扁表示，律师告诉他，有关他给台教会的新台币10万元，和裕华彩艺公司的54万，并不是重复领取，是由陈镇慧先由领据列报的“国务机要费”先行支领，后来得悉可以用单据核销的部份来申报，并不是重复领取，检察官有重大误会。

陈镇慧

陈镇慧当庭全部认罪 强调工作中听从长官做事

陈镇慧2009年2月19日再度开庭，对检察官起诉的伪文、伪证、贪污、洗钱四罪全部认罪。上次出庭她部分认罪，不认贪污，但是前长官马永成和林德训，却将责任推给她，让她感觉很受伤，因此今天开庭10分钟，陈镇慧就认了包括贪污等4项罪名。

陈镇慧在两天前透过律师抛出风向球，表示考虑全部认罪，转折点就是因为在吴淑珍、马永诚和林德训出庭时，将机要费全推给陈镇慧，让她感到有些心寒，加上如果未来要争取减刑，全部认罪对她会较有利，因此在和家人讨及律师讨论之下，决定认罪。

陈镇慧今日当庭对检察官起诉的伪文、伪证、贪污、洗钱四罪，全部认罪，扁家四大弊案，起诉被告将只剩陈水扁、吴淑珍、马永成、林德训4人不认罪。 陈镇慧表示认罪，对不认罪的扁珍等4人，一旦被传唤作证进行对质诘问时，有所保留的话，她的认罪，就不会立即危及扁珍4人。

2009年9月11日，陈水扁家族弊案今日一审宣判，陈镇慧获免刑。