隐元，俗姓林，名隆琦。明神宗万历廿年（1592年）十一月四日，出生于福清万安乡灵得里东林村（现属上迳镇）。父林德龙，母龚氏。

在兄弟三人中，隐元行三，原名曾丙，号子房。父亲在隐元六岁的时候，迫于生计往湖南、湖北一带谋生，一去不归，从此便家道中落。隐元九岁就学乡里的中峰社学，翌年冬即辍学，不得不学起农事，随兄长耕樵，维持生计。

隐元少年时就非常聪明。长大渐渐显露出成为宗教家的苗头。他经常与两三个朋友坐卧松树下，仰观天河运转，浮想宇宙的秘密，觉得宇宙间的至理，除非是仙佛难以明了，便有了向佛之意。

此时的隐元虽未出家，却已看破红尘，与世无争了。十八岁时他加入径江念佛会，开始学习修行佛法的要领。

隐元二十岁的时候，母亲和兄长便催他娶妻，他以“连父亲的去向尚不可知，为人之子实在是一件不孝的事情，等见到了父亲之后再娶妻室尚不为晚”为由拒绝了。

第二年他与母亲商量，把为他结婚而积攒的银钱作路费，踏上了寻找父的旅途。苦苦寻找两年，父亲依然下落不明。

万历四十二年（1614年）春，在寻父途中，隐元遍访浙江各地寺庙。他觉得，除了观音菩萨在冥冥之中帮助外，再也没有别的办法了。于是他乘舟前往舟山列岛中的普陀山。

普陀山观音道场的庄严肃穆，佛教圣地殊异于俗世间的一切，使二十三岁的隐元俗念顿消，进而有了心愿，便投身到潮音洞主身边，做了一个茶头，每日在佛前殿后为僧众提供茶水，而从未露出丝毫的苦累之色。由此也深得潮音洞主的喜爱。

翌年三月，隐元辞别潮音洞，乘船返回故乡。隐元后来谈起此事说道：从前我巡拜普陀山，在潮音洞大士面前许愿，崇信三宝，这是我最初说出出家志愿的时期。出家的志向，这时就已经定下了。

抱着出家的心愿回家，虽然身在故里，心却在普陀。直到二十六岁时，终于说服了母亲，再次踏上去普陀的旅程。可在途经福宁地方时，旅费被盗，无可奈何，只好返回家乡，继续耕樵，过着念佛持戒的生活。

二十八岁时，母亲去世了。家中请了清远里黄檗山万福寺的和尚来料理后事。隐元到上迳印林寺里拜会了黄檗山来的和尚鉴源兴寿。

鉴源得知隐元出家的愿望后，恳切地对他说：“求道并不一定要选择地方，有缘的地方就是你的道场。”奉劝他在黄檗山出家。但隐元认为，与普陀山相比，黄檗山离俗世间太近，不适合于辩明佛法。

鉴源说：“任俗无妨，心不俗就好”。隐元终于恍然大悟。

万历四十八年（1620年）二月十九日师从鉴源落发，了却了多年来盼望出家的宿愿。

隐元出家时，黄檗山万福寺的建筑中只有大雄宝殿、方丈室、藏经阁、择木堂等几座殿堂，昔日的佛教道场毁于倭乱，早已荒废了。所以出家不久，他就承担化缘任务，奔波于福清、莆田之间。这年冬天，在福清海口瑞峰寺听了道亨法师讲的《楞严经》后，下定决心新年之后要亲自重建黄檗寺，并动身去北京化缘。途经杭州的时候，隐元遇到了从北京回来的时仁了解到北方战事正紧，只好放弃进京化缘的想法。

在与时仁相处的日子里，隐元与时仁经常交谈。一次，隐元向时仁请教：“依照经书解释佛义像是冤屈了三世佛，偏离经书一字则如同魔说，其中缘由实在无法明白。”时仁说：“过三十年以后再告诉你。”隐元听了十分失望。

后来，隐元回想起当年的事情，深有感触地说：“时仁说的过三十年以后再告诉你，对我来说是一个巨大的动力。如果当时时仁依据经文做解释的话，我也就不会另求答案，回黄檗寺去了。那么，也就不可能有今天的我了。”因与时仁会话而愤然分手，隐元开始四处参拜领悟。

他先后参访了浙江嘉兴县的兴善寺、海盐县鹰窝顶的云岫庵、峡石山的碧云寺、秦驻山的积善庵等。寻访秦驻山积善庵时，受庵主景西的邀请，在此庵度过了夏天。

在各地参学、听经，隐元产生很多疑问。一天，隐元与景西正谈及往天台山通玄寺向临济宗高僧密云圆悟求教之事，忽闻密云圆悟来到海盐县金粟山广慧寺，当即与景西一道乘船前往金粟。

隐元在金粟山从师圆悟体验禅学，辩道解疑，道业大进。两年后，隐元大彻源底，豁然开悟。从此，隐元机锋显露，在与密云圆悟的法嗣五峰如学参禅问答后，名闻金粟山。

崇祯二年（1629年），密云圆悟应黄檗山万福寺耆宿信众恳请，许诺住持黄檗并请隐元同往。崇祯三年春，隐元随侍密云圆悟进住黄檗。

崇祯三年（1630年）八月，密云圆悟退居金粟山，圆悟法嗣费隐通容应请于崇祯六年（1633年）十月住持黄檗。隐元从费隐通容之请任“西堂”，彼此禅机相契。

崇祯七年（1634年），43岁的隐元成为费隐通容最初的法嗣。崇祯十年（1637年），隐元接受众请住持黄檗。至此，密云圆悟、费隐通容、隐元隆琦三代同声唱道，一时成为禅门盛事。

隐元住持黄檗后，倾心重兴伽蓝，苦心经营，并以千日为期开阅全部藏经，黄檗面貌为之焕然一新，蔚为禅宗一大丛林。七年后，退居福严寺。

隆武二年（清顺治三年，1646年），年届五十五岁的隐元再登黄檗法席，长达九年。这段时间。他致力于建庵修塔，增置田产，倾力教化，或游行诸方，或问道酬、利众化他，黄檗宗风闻名遐迩，其禅风盛于江南。

《海上见闻录定本》记载：“庚子，永历十四年（清顺治十七年，1660年）七月，（郑成功）命兵官张光启往倭国借兵，以船载黄檗寺僧隐元及其徒五十众。

进倭人敦请隐元，故载与俱往。赐姓（郑成功）书与倭国王，而不及上将军主国政者，倭人兵亦不发。”

尽管这一记载的时间与较流行的说法，即“隐元是永历八年（清顺治十一年，1654年）初秋到达日本”相差六年之久，但隐元乘坐郑成功的船东渡日本这事实是确信无疑的。

发起邀清隐元赴日之举的是日本长崎兴福寺第三代住持逸然性融（1644年渡日）。当时寓居逸然门下的无心性觉是隐元法嗣也懒性圭的禅友。

恰值崇福寺住持空缺，永历五年（清顺治八年，1651年），该寺檀越邀请也懒赴日，不幸遇大风浪，船毁人亡。无心在万分痛异之余，恳请逸然邀请也懒本师隐元。

逸然作函再三，礼请隐元。感其至诚，隐元将黄檗法席委任法嗣慧门如沛，毅然称行，相约三年后返回。

除了上述原因致使隐元决心东渡日本外，当时的战乱及“子债父还”的心理，同样是促成他东渡的因素。抗清志士多与隐元有交往，这也是不争的事实。

隐元东渡，继渡宋求法僧荣西、道元开创的日本临济宗、曹洞宗之后，独树一帜，开创了黄檗宗。日本黄檗宗称福清黄檗山万福寺为“古黄檗”或“唐黄檗”，以示与隐元开创于日本京都有府宇治市的黄檗山万福寺相区别，并道出了两地黄檗间的渊源关系。

隐元从东渡到溘然圆寂，二十年间，历尽艰辛挫折，竭力弘扬祖风。弘光元年（清顺治二年，1645年），他决定滞留扶桑弘法异邦后，在宇治市动建了“新黄檗”，并专门从福建泉州请雕塑师范道生雕塑佛像。

制定了新黄檗的规约，促进了新黄檗的兴隆发展，使中国佛教古黄檗的传统、法式得以弘扬。隐元的家风，明末的黄檗禅，具有强烈的西方净土色彩，禅净融合的宗风和教化形式，给长期处于锁国状态下，力图摆脱固定化、形式化束缚的日本佛教界带来了活力。

隐元的禅净双修与密教祈祷主义相融合的佛教思想特色，令日本佛教界刮目相看。

隐元禅师的高风亮节，备受日本朝野的推崇。不论是皇室、朝廷、幕阁、幕臣，还是各地大名、藩士、信士、庶民，他们或亲自参谒，或求诗偈、题赞，或为外护，竭尽所能援助黄檗山的经营，赞助禅师语录、诗偈集的出版。

这一切，弘扬了古黄檗宗风，巩固了与各阶层的联系，促进了新黄檗在日本的发展。

还在隐元东渡之前，当时著名学者黄道周、书法家张瑞图、陈贤，雕塑家范爵、范道生等与黄檗高僧就已有交谊。隐元为首的黄檗禅僧和文化人的东渡，直接传播了明清文化，在思想、文学、语言、绘画、书法、篆刻、建筑、雕塑、印刷、音乐、医学、饮食等方面，都对日本近世文化发展产生了深远的影响。

当时的黄檗僧多能诗善赋，时有“诗南源，文高泉”之说。南源性派擅诗作，高泉性潡长文章，都深得隐元推崇。隐元与他的弟子木庵性韬、即非如一三人的书法作品广为世人珍藏，被誉为黄檗三笔。黄檗派书风给当时书法界很大影响。

隐元东渡，带给日本中华医学理论的同时，也给日本带去了民间验方偏方。这从即非如一著的《福清县志续略》中的一段记载可知：“吾邑福清之盐，谓之海盐，居民于海边掘小坑……不半日结成冰霜，其色莹洁，其味甘美，颇胜诸盐也。

……附救急神方，备防不虞，谅不嫌”。这里记载了用盐急救毒蛇伤螫、溺水、妊妇逆产、妊娠心痛、风火牙痛等多种痛的办法，足可让我们窥其一斑。

饮食文化方面，有家喻户晓、日常生活中不可或缺的“隐元豆”。还有由黄檗禅僧传入日本的“普茶料理”。盛行于明代的饮茶方法之一煎茶，也由黄檗禅僧传入日本，如今，已成为日本茶文化生活的一种重要形式。

新黄檗山万福寺里，一派中国情调：大小三十余座殿堂都是江户初期兴建，具有典型的中国明代禅寺建筑风格；殿堂内外悬挂的众多匾额和楹联，都是出自隐元及其弟子木庵、即非等人手笔，雄浑飘逸，显示着一代禅风。明代雕塑家范道生新塑的佛像，栩栩如生。

黄檗宗寺院在日本已发展到五百多座，信徒众多。具有鲜明的汉传佛教文化风格的黄檗禅已深深扎根在日本，成为中日文化交流的见证和纽带。隐元为推动和促进中日本文化交流，作出了不可磨灭的贡献。

2019年10月厦门国际佛事展期间，内藤香林将与省书法家协会副主席陈秀卿共同举办中日禅书画展，以纪念隐元禅师从厦门东渡弘法365周年。