之后，雅子赴牛津大学留学，起先攻读国际关系硕士，后来转为文学硕士。攻读硕士期间，雅子甚至举行专门的新闻发布会，否认与德仁皇太子的关系。1990年夏，雅子返回日本外务省工作，并转调到第二北美部，负责日本最重要的对外经济关系。而此时的德仁仍然非雅子不娶。为了说服反对这桩婚事的雅子的父亲，宫内厅派小和田恒在外务省时的前辈柳屋健介对其进行游说。在一番劝说之下，小和田恒最终决定放弃反对立场，让女儿雅子自己决定婚事。

1991年2月23日，日本皇室正式确立了德仁皇太子的地位。他敦促宫内厅重新把雅子列入入选名单，宫内厅担心新闻媒体的大肆渲染会坏事，要求记者们不得披露此事。1992年10月，德仁皇太子向雅子表明了自己的心迹，但雅子并未答应。11月28日，雅子秘密再访皇太子的住所，德仁再次提出求婚的意愿，雅子还是不能作出决定。最后，雅子向外务省告假两周，闭门思索决定命运的终身大事。其间，明仁天皇和美智子皇后亲自插手了此事，关于内容的起伏曲折有很多不同版本。大多关系良好的消息来源都说，美智子亲自打电话给小和田一家，并向雅子及其双亲保证她会尽全力保护雅子，只要雅子愿意嫁给她的儿子。12月12日，雅子前往东宫，与德仁谈话3小时，最终答应了德仁的求婚。她对德仁说：“如果我可以做您的支柱，我愿意谦逊地接受。既然我已全然接受，必会尽力让皇太子殿下高兴，使我往后回顾人生时会认为‘这是段美好的人生’。”相对地，德仁保证：“我会永远在你身边，此生我会尽所有力量来保护你度过一切困难。”6天以后，两人一同拜见明仁天皇夫妇。

1993年，雅子从外务省辞职。1月19日，经日本皇家会议批准，雅子与德仁正式订婚，并于4月12日举行正式的订婚仪式。6月9日，雅子与日本皇太子德仁成婚，正式成为皇太子妃。

当雅子和德仁结婚时，日本的女权主义者曾为之欢呼：“一名职业妇女将成为皇后。”美国《新闻周刊》称赞她是东京皇宫中“不驯服的王妃”。对日本民众来说，雅子就像是“半个美国人”，她在美国度过了高中和大学时代，后来又到英国牛津受过教育，因此许多日本女性希望，雅子能够把现代西方文化带进等级森严的日本皇室。

但很快，女权主义者们发现，这位女外交官嫁入皇室后，陷入了深深的沉默之中。即使偶尔开口，也是完全按照皇室礼宾官员起草的讲稿照本宣科。从嫁入皇室起 , 她不再是小和田家的一分子，户口上的名字也遭到删去，就此成为日本第125代天皇的皇室新成员。身为皇室家族成员，她将不再享有投票权，不再具有姓氏的称谓和其他现代生活的必备要件，例如护照、信用卡、保健或是车。雅子在接下来的人生中唯一的角色就是扮演端庄恭敬的妻子，永远保持在丈夫身后三步的距离，而唯一的任务就是产下菊花王朝的男性继承人。宫内厅将会监视她的一举一动，记录她的公开言行。

滨尾实代表着日本极端保守保皇派的声音，他在东宫做了20年的内侍，也是德仁皇太子的主要朝臣、重要亲信。在宣布订婚的第一场记者联合会上，原本该由训练有素的记者递交温和的问题，按照既定的脚本进行。但雅子却畅谈计划与抱负，共说了9分37秒，比丈夫德仁皇太子多说了28秒。按照日本皇室礼俗规定，雅子发表言论的时间只能是丈夫的一半。对此，滨尾实指出：“我认为她不够谨慎。整体而言，她说太多话了，甚至还说了没有被问及的事。还有似美国人的行为举止，例如走在男人前面，也就是西方人所谓的‘女士优先’。这些行为在美国也许会被接受，但在日本，她应表现得更加庄重。”

嫁入皇室之前，面对婚事以及之后的宫廷生活，雅子做了万全准备，花62小时向年长的圣贤智者学习各种知识，包括皇族历史、宗教仪式、宫廷用语（就和拉丁文一样 , 连一般具有教育水准的日本民众也无法理解）、书法等等。但即便如此，皇宫内的拘束和森严仍然无时无刻不在压抑着她的自由和天性。婚礼当天，除了繁琐的礼节，新娘和新郎（至少有一方是处子之身）在单独相处的夜晚，甚至不能有超出脚本外的亲密关系。在她和德仁居住的东宫，贴身服务的几十名侍从和女官中大多数人门第高贵，宫廷资历深，雅子稍不留意，就会惹来各种流言蜚语。

作为皇太子妃，雅子的生活经历着巨大的变化：除非正式的官方访问，否则她不得离开日本一步；没有宫内厅新闻部门的允许，她不能会见任何记者；没有宫内厅事务部门的允许，她的相片不允许在日本的报刊上出现。除此之外，她被迫学习书法、冗杂的礼节、皇族往来规范、历代天皇的传记典故、长笛等等新课程，还曾因放弃长笛学习，遭受过从皇室到民间的各种闲言碎语。在婚后长达8年的时间里，她几乎不在公共场合发表任何讲话。甚至在婚后9年诞下爱子公主后，她才第一次被允许回娘家探望。

2002年，雅子再次到海外访问时对随行记者吐露了她当时的心情。雅子说：“坦率地讲，结婚以前，我到海外访问是家常便饭，出国访问已经成为我个人生活的一部分。结婚以后，出国访问变得相当困难。为适应这种生活我一直在尽我最大努力。”而这番话立即招来日本皇室的非议。从2003年起，雅子的健康急转直下，开始接受心理医生的治疗。2003年12月，雅子被诊断出患上带状孢疹，这是一种因精神压力过大而导致的小疾病，但如果不能缓解心理压力，也有可能导致失明。2004年3月，雅子带着极少的随从皇宫离开，前往父亲的一座山中别墅静养。2004年5月，德仁在访问欧洲之前的记者招待会上曾公开指责：“事实上有人在否定雅子的职业生涯以及人格。”2004年7月，宫内厅宣布雅子被诊断患有适应障碍症，正在接受治疗。2005年12月，雅子的主治医生发布声明，称雅子正在康复，用药正在减少，但其状况仍然不是很稳定，并且容易受到外在压力的影响，尚不能完全恢复公开的皇室活动。2008年，已度过5年疗养生活的雅子表示“最近感到似乎可以慢慢地增加公务了。”2013年6月9日，在结婚20周年纪念日上，德仁夫妇表示，雅子的身体在长期疗养后已有了明显的好转，今后将继续调养，同时逐渐参加更多的活动。

在嫁入皇室之前，雅子皇后原本计划发挥自己的外交能力，提高日本皇室的影响力。可是婚后雅子才发现，媒体和民众根本就不在乎皇室外交，大家只关心她的肚子，盼望着雅子能带来一位皇位继承人。负责安排皇室生活的宫内厅不断要求雅子尽快履行王妃的义务，为皇室生下继承人，甚至限制她的出行，希望通过这样的办法强制增加雅子与皇太子接触的时间，让她尽快怀孕。

1999年12月，怀孕7个月的雅子不幸流产。2001年4月，日本皇室宣布雅子显露出怀孕初期阶段的迹象。2001年10月26日，日本皇室为已经怀孕9个月的太子妃雅子举行了传统的“系带仪式”，祈祷雅子妃顺利产下皇室后代。2001年12月1日，德仁与雅子的长女敬宫爱子内亲王诞生，此时雅子已将近38岁，爱子的降生给德仁夫妇和日本人民带来了极大的喜悦。爱子的降生曾一度燃起女性继位的话题，70％的日本国民表示愿意接受女性天皇，国会也准备就此修改宪法相关条款。但好景不长，宫内厅又开始对德仁夫妇的生育问题指手画脚，公开向雅子施压：“国民们都期待着太子妃能生第二个孩子。”看到雅子没有动静，宫内厅长官汤浅利夫又公开声称，为了皇族的繁荣，希望皇太子的弟媳纪子能生第三个孩子。2006年悠仁的出生夺走了爱子本可能拥有的继承权，无疑是对雅子精神上的沉重打击。

2019年5月，德仁天皇登基。同年10月22日，日本德仁天皇在东京皇居正殿“松之间”宣读即位誓言，举行“即位礼正殿之仪”，正式宣告日本第126代天皇即位，日本进入“令和”时代，雅子也正式成为新皇后。11月10日，德仁天皇即位庆祝巡游活动于日本东京举行，德仁天皇携雅子皇后出席。

2019年5月22日，日本红十字会名誉总裁雅子出席全国红十字大会，并为有功人士颁发奖章。这是雅子在德仁天皇即位后首次单独履行公务。

2019年12月9日，雅子迎来成为皇后之后的第一个生日，并在生日当天发表了讲话。首先，雅子表达了对明仁天皇和美智子皇后的深切感谢和敬意，并表示民众在登基活动中的热烈回应与祝贺给予了她很大的动力。其次，雅子对近年来的各种自然灾害深表关切，希望灾后重建工作能够稳步推进，并做好防范灾害风险的各类措施。再次，雅子对于国内和国际的各类环境、社会和战争问题深表关切，希望能拥有一个“能令所有人安心生活的和平世界”。此外，雅子还表达了对日本举办橄榄球世界杯、日本学者获诺贝尔化学奖、日本即将举办冬奥会和残奥会的祝贺。最后，雅子表达了对女儿爱子公主的期望及对丈夫德仁天皇的尊敬与感激[31]。并表示会努力恢复健康，履行好作为皇后的职责，“为日本人民的幸福奋斗”。

2019年12月9日，即雅子皇后生日当天，负责雅子康复和治疗的医生也发表了相关的意见。意见中表示，雅子目前正在根据医生的建议进行治疗。2019年以来，雅子已经出席了许多与德仁登基相关的活动及其它重要的国内活动，这离不开雅子个人的努力和对治疗的积极配合。同时，雅子也积极关注和参与女儿爱子公主的校园活动。由于民众对雅子出席活动有较高的热情，因此以这样的方式稳步增加雅子参与活动的频率是可取的。但是，雅子还并没有完全康复，对其过高的期望不利于病情恢复，现在仍然应该给予雅子更多的私人空间、理解与鼓励。

2021年-2022年，雅子皇后继承美智子皇后的衣钵，两次主持日本“亲蚕礼”。德仁天皇与雅子皇后在红叶山御茧，针对蚕桑的不同阶段进行了各种工作。雅子皇后饲养许多品种的蚕，其中包括日本本土的“小石丸”品种。

2022年9月17日-22日，德仁天皇携雅子皇后出席了英国女王伊丽莎白二世的葬礼。

2023年6月9日，德仁天皇与雅子皇后结婚30周年之际，德仁天皇发表了讲话。

2023年6月17日-23日，雅子皇后与德仁天皇、敬宫爱子内公主一同出访印尼。德仁天皇一家在东京国际机场（羽田机场）接受了岸野亲王殿下、岸田首相和夫人、日本驻日本临时代办代办等的告别问候后，乘坐政府飞机离开日本。当天下午，德仁天皇抵达苏加诺-哈达国际机场，并接受了公共工程和国家住房部长巴斯基先生和印度尼西亚驻日本大使赫里夫妇的问候。

2023年9月，雅子皇后与德仁天皇于17日一同出席了第42届全国富海创作节会场。在仪式上，德仁天皇发表了讲话，雅子皇后将牡蛎和海参交给北海道的渔民。德仁和雅子还受邀观看全国小学生富海优秀作文展示，并聆听北海道渔业工作者们的工作成果和未来规划。20日，德仁天皇、雅子皇后与爱子公主参观了第70届日本传统工艺品展。德仁天皇、雅子皇后和爱子公主聆听了关于作品制作过程中技术和材料的讲解，并参观了以获奖作品为主的优秀传统工艺品。参观结束后，德仁一家三口还会见了芳子公主殿下和日本工艺协会的其他成员，了解日本传统工艺的趋势和传承的重要性。

2023年11月，雅子和德仁出席了在赤坂御苑举行的园游会。该园游会是日本较为重要的活动，通常分别于每年春季和秋季在赤坂御苑举办两次。与同年5月举办的春季园游会一样，园游会采取了必要的防疫措施并将邀请人数减少到通常的一半左右。德仁天皇与雅子皇后向前来参加游园会的日本皇室成员、日本高层政府官员、各国使团、各国使领馆馆长、日本社会各界功勋人士、部分市长和镇长等2000余人表示欢迎与感谢，并与部分参会人员进行交谈。最后表示“希望各位来宾能愉快地度过这次久违的秋季园游会”

2002年，雅子前往新西兰和澳大利亚访问。

2003年11月，雅子出席了在静冈县举行的残疾人运动会。自2003年12月底雅子被确诊患上带状疱疹以来开始停止参加公务活动。

2005年7月20日，雅子和德仁一起前往爱知世博会参观、视察，这是雅子静养20个月以来第一次离开东京。

2006年8月17日，雅子应荷兰贝娅特丽克丝女王的邀请，在丈夫德仁和女儿爱子的陪同下抵达荷兰，开始为期两周的疗养休假。

2013年4月28日，皇太子夫妇启程对荷兰进行正式访问。4月30日，正在荷兰进行访问的雅子和德仁出席了在荷兰首都阿姆斯特丹市中心的新教会举行的新国王威廉-亚历山大的登基典礼。仪式结束后，德仁夫妇还出席了随后的欢迎宴会。这也是身患抑郁症的雅子近11年来首次出国访问。

2014年7月29日，日本皇太子一家三口前往三重县，以非公务形式参拜了伊势神宫。10月29日，雅子出席了日本天皇明仁与皇后美智子在皇宫欢迎荷兰国王夫妇的宴会。这也是雅子自患抑郁症10年后首次参加日皇国宴。

2015年7月3日，雅子与德仁抵达了位于汤加首都努库阿洛法郊区的富阿阿莫图国际机场。这是雅子时隔两年零两个月再度出访海外。11月12日，雅子12年来首次现身日本皇室秋季花园派对。

2019年5月1日，德仁天皇即位，成为第126代天皇，日本正式进入“令和”时代。雅子成为新皇后。

据共同社东京报道，日本内阁官房长官松野博一2022年9月14日在记者招待会上表示，日本德仁天皇和雅子皇后定于下周出席英国女王伊丽莎白二世的葬礼。这将是德仁天皇2019年继位以来首次出访。

2024年6月23日报道称，日本德仁天皇与妻子雅子皇后6月22日抵达伦敦，开启为期一周的英国之行，其中包括3天的国事访问。