该馆分为中心展区、临时展区、文物中心库房和办公接待用房。陈列以南方丝绸之路及茶马古道两条道路为主线展示雅安各地出土的珍贵文物，中心展区设有汉嘉神韵、辟疆拓土、汉风流被、雅风流韵、边茶藏马五个展厅，其内容包含汉代石刻、石器、青铜器、陶器、瓷器、印章、书画艺术及雅安边茶历史文物。馆内展示融合数字化表现手段，多方位、多感官地向观众呈现文物背后的历史。

在“4·20”芦山强烈地震中，雅安市博物馆土建工程、展陈设施和部分文物受到不同程度的损毁。经过近两年的灾后恢复重建加固维修及陈列布展整体提升，博物馆向公众重新开放，很快便成为深受市民喜爱的“文化中心”。

在馆内一处泛着绿光的“地宫”引人驻足。在一块足有3米多宽、4米多长的水晶玻璃地板下，一个完整的汉代木椁墓原型静静地躺在地下。透明的玻璃地板下坠着的点点水珠告诉人们，这里适度的湿、温环境能让这块2000多年前的珍贵葬器安然保存。