雷根河的主要源头大雷根河发源于捷克热莱兹纳鲁达附近的拜恩林山，在流淌了数公里后进入德国境内，在茨维塞尔与小雷根河汇流形成黑雷根河。黑雷根河穿越雷根和菲希塔赫，在巴特克茨廷与白雷根河汇流，形成雷根河。

雷根河谷是穿越拜恩林山的主要河谷，该地区的大部分城镇均位于河流两岸，主要城镇包括卡姆和雷根斯堡。

雷根河最终在雷根斯堡注入多瑙河。