玩家在游戏中将从雷顿、路克、蕾米的视角进行游玩。

玩家在游戏中可获得的道具分为提示金币、迷你游戏道具及收藏品。

提示金币是一类消耗品，在玩家解答谜题的途中，如果碰到了不知该如何是好的情况时，玩家可通过至少消耗1枚金币来获得谜题的提示。金币的数量是有限的，玩家在使用时应该慎重进行思考。

迷你游戏道具分为3种：火车路线、鱼的观察套件、演技，它们可通过与NPC对话以及玩家解决某些特定谜题后获得，并可分别在屏幕右上角的雷顿的包包中的“玩具列车”“鱼”“人偶剧”模块进行查看。

收藏品共有24种，它们是隐藏在小镇各处的宝物与谜之物体，会躲藏在各种各样的地方，所以发现奇怪的地方时，玩家可以通过进行多次点击来获得收藏品。在雷顿的皮箱中，玩家可在“收藏箱”中鉴赏这些雷顿在旅途中发现的中意物品，它们和调查没有什么关系，玩家可以自由进行收集。

玩家在游戏中的主要活动地点为米斯特哈雷利以及伦敦。

玩家起初不能随意切换主要地点，只能随着游戏剧情依次前往指定的地点进行探索。随着剧情的推进，玩家不仅要在四处与NPC们进行解谜，而且还需要到各地进行调查，从而发掘隐藏于传说中的“魔神之笛”背后的真相。

在调查部分，玩家可通过对各处进行调查来寻找相关线索，玩家可探索的场所会通过剧情推动以来解锁。此外，现场也会出现各种NPC。通过对话和进行解谜，玩家可从他们那里获得新的情报。通过点击场景中的某些物品，玩家还能够获得提示金币，每个场景只有3枚。

游戏模式

玩家在游戏中的主要目的是在寻找与“魔神之笛”有关的事件真相。通过与居民们进行解谜与聊天，玩家可获得各种有用的信息。进行调查时，玩家可通过触碰屏幕右下方的“鞋子”图标来进行移动，可供移动的方向会在屏幕中显示出黄色的箭头。

通过直接点击屏幕中的人或物，玩家可以触发各种谜题进行解谜，部分场景也需要玩家解够一定数目的谜才能够进入。游戏中的每道谜题都有着自己的“闪光点数”，它是表示谜题难度的指标。点数越多，代表谜题的难度就越高。如果弄错答案的话，玩家在当前谜题中能够获得的点数就会减少。

迷你游戏

游戏中共有4种迷你游戏，其中前3种可在触发后在屏幕右上角的皮箱中进行游玩，而最后1种需要在获得10个老鼠徽章后才能在米斯特哈雷利的十字路与警察对话后游玩。老鼠徽章需要玩家通过点击街道上老鼠入手。

参考资料

由于硬件平台并没有变化，所以《雷顿教授与魔神之笛》的表现力、内容量都大致保持了《雷顿教授》系列的一贯水准，独特的英伦式淡色卡通画风清新依旧，给人不同于其他日本卡通游戏的感受。游戏正篇依旧由密集的各类型小游戏作为主体，多达170个谜题涵盖了脑筋急转弯、数学、逻辑、操作等多种体验，与冒险故事的结合也相当紧密，在触发机制上比起《雷顿教授》系列之前的游戏有明显进步，各种奖惩措施也十分合理，充分考虑到了不同年龄层玩家的接受度差异，真正做到老少咸宜。它再次诠释了“传统的就是最好的”这句话，虽然与系列以往的游戏相比并没有什么明显变化，但它能够保持水准已实属不易，不变的基础结构和美术风格配合全新的高品质谜题，足够吸引大量粉丝买单，而精益求精的过场动画和剧情设计让它更为超值。（爱玩网 评）

《雷顿教授与魔神之笛》延续了《雷顿教授》系列谜题与主线剧情交互进行的特色，继续由多湖辉教授编写的谜题再次向玩家的脑细胞发出了挑战，只有不断地破解它们才能发现与主线剧情有关的重要线索。全新收录的“跑火车”“水族箱”等迷你游戏难度同样惊人。（游戏时光 评）