霉腐微生物通过各种酶系分解各种物资中的非金属部分，如梭状芽孢细菌、棒槌芽孢杆菌、放线菌、木霉、多孔菌等产生的纤维素酶能破坏棉、麻、竹、木；葡萄球菌、枯草杆菌、放线菌、土曲霉、黄曲霉等的蛋白酶能分解丝、毛、皮革；放线菌、曲霉、青霉、交链孢霉和芽枝霉等的氧化酶和水解酶相继作用可降低合成材料的质量；黑曲霉、焦曲霉、橘青霉等可使涂料、塑料、橡胶、粘接剂等老化。霉腐微生物在矿油（燃料油、润滑油脂、液压油、切削乳液等）中生长后，不仅其大量菌体能阻塞机件，而且菌体的代谢产物也能导致或加速金属的腐蚀。杂色曲霉、灰绿曲霉等代谢活动的产物可侵蚀玻璃，严重降低光学仪器的性能；医药品、食品滋长细菌和霉菌可导致腐烂变质；生长较普遍的黄曲霉、杂色曲霉、冰岛青霉、桔青霉等所产生的真菌毒素直接危害人类健康；化妆品等被假丝酵母、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌等污染后，可引起皮肤病；染菌的被褥、服装成为霉菌污染源，特别是烟曲霉能导致肺气肿等疾病；链霉菌、青霉等侵入人体循环系统后，能造成血管阻塞；菌落（如霉斑等）污损建筑物，也是环境污染源。此外，霉腐微生物还可损害图书、文物、档案材料、磁带信息资料、生物标本和艺术品等。