更新时间：2024-08-06 13:50
仰慕身为前次大战英雄的阿斯兰·萨拉，而视拉克丝·克莱茵的替身米娅·坎贝尔为情敌，让回到Z.A.F.T.的阿斯兰饱受女难之苦。
在一次跟踪阿斯兰的行动中，得知米娅是冒牌货的事实，因为不能说出去而苦恼。
对P.L.A.N.T议长吉尔伯特·杜兰达尔的作为抱着怀疑的阿斯兰，驾驶著ZGMF-2000 烈焰古夫和美玲一同逃走而遭到真和尼尔的攻击。之后被因为尼尔的诱导的真击落。得知此事的露娜，因为同时失去妹妹和仰慕之人而大受打击，认为是LOGOS造成的这一切。于是一边倾力替Z.A.F.T.讨伐LOGOS，一边向真寻求精神上的支持，两人因心灵上的契合而产生了感情。但在弥赛亚攻防战时，露娜为阻止飞鸟真和阿斯兰的战斗乱入至飞鸟真的攻击轨道，但此时的真飞鸟由于过度混乱向露娜发起了攻击，阿斯兰为解救露娜及时爆发seed击败了真飞鸟与命运高达。之后真从露娜怀抱中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，两人相拥而泣....
与妹妹美铃和解，并与妹妹美玲和真飞鸟一起回到PLANT，和真飞鸟继续发展这段不可思议的感情。
先:ZGMF-1000 ザクウォーリア(Zaku Warrior)
炮击型扎古勇士
ZAFT军停战后开发的新世代MS“新千禧年系列”的第一期型为了对应各式各样的战局，能更换追加各式装备和武器。
是ZAFT军下期主力MS。绿色是制式颜色，红色是露娜玛利亚的专用色。
Impules Gundam——ZGMF-X56S（脉冲高达）
在《尤利乌斯条约》缔结后，PLANT开发的ZAFT军最新锐机体。
根据条约，因为禁止使用NJC，所以装载着新开发的能源供给系统“氘核光束送电系统”。
搭载这个系统，是5架“次世代”MS共通的特征。
在真·飞鸟换乘ZGMF-X42S Destiny 命运高达之后，本机驾驶者变更为露娜玛利亚·霍克。
本机X56S考虑到机体的扩张性，由3个单元构成。那个的核心是被称作核心飞梭的战斗机。
核心战机搭载了变形机构，能变形成独立型的驾驶舱单元。以其为核心，和作为上半身的上身部件，以及作为下半身的下身部件合为一体构成这个MS。
X56S是以富有泛用性为基本的机体，基本武装是腰两侧装甲里装备着的对装甲小刀“M71-AAK 折叠剃刀（Folding Razor）”。
本机的最大特征是拥有名为“Silhouette系统”的武装换装机构。最大限度地活用这个机构的话 X56S能按照各种各样的战局，瞬间使战术与之对应。
基本装备的武器背包有3种。以高速战斗、高机动型、光束兵装为基调的“空战背包”，装备了对舰激光刀“石中剑（Excalibur）”和光束回旋镖的接近战斗型“巨剑背包”，装备了大型光束炮和导弹发射器、磁轨炮、光束标枪的长距离炮击型“重炮背包”。
特别是安装了巨剑背包和重炮背包时机体的VPS的特性变化，巨剑背包变成红色，重炮背包以深绿色作为基调的色彩配合是各自的特征。（也有一说是不同颜色的VPS装甲代表着不同的防御力，防御力从上到下的顺序为红，绿，蓝，黑。）
MMI-GAU25A 20mm CIWS X 2
M71-AAK 对装甲小刀“折叠剃刀（Folding Razor/フォールディングレイザー）”X 2
MMI-RG59V 机动防盾
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，就在自己的眼前，少年真·飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物，就只有妹妹掉落的手机……获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士……
C.E.73年10月2日，奥布联合酋长国首相卡嘉莉.尤拉.阿斯哈来到L4的殖民卫星阿莫利万，决定与PLANT的杜朗达尔议长举行机密会谈，与其同行的还有隐姓埋名的阿斯兰；而就在同一个地方，ZAFT军的新型战舰“密涅瓦号”的入水仪式也即将进行。一派轻松的气氛下，“密涅瓦号”所属的真也与同事尤兰等人上街闲逛，并偶遇秘密潜入阿莫利万的地球联合军特务部队所属成员......斯特拉.鲁西耶，但双方并不知道彼此的真实身份。
就在入水仪式即将举行的时候，阿莫利万的MS格纳库遭到了地球联合军特务部队的突然袭击，ZAFT军所开发的三架最新型高达也被夺走。ZAFT的MS部队损失惨重，而卡嘉莉和阿斯兰也陷入危险之中。就在这危急时刻，飞鸟真驾驶剑装备型脉冲高达挡在三架高达的面前。
在整部动画中，DESTINY一词贯穿主题。