青岛解放后湛山寺在青岛市人民政府的关怀下，进一步得到发展，但在“文化大革命”中，湛山寺被迫关闭，僧人被遣送，大殿及配房被挪做他用。

中共第十一届三中全会以后，党的宗教政策得到恢复和逐步落实。1983年国务院确定湛山寺为汉族地区佛教在全国的重点开放寺庙。

1984年7月，原占湛山寺的单位全部搬走，青岛市人民政府先后拨款150万元，由青岛房屋修建公司承包，将被破坏的大雄宝殿、天王殿、三圣殿、藏经楼以及山门、石狮子、药师塔、方丈寮、僧寮、客房、讲经堂等进行了全面大修，同时还修建了厕所、道路，安装了输电线路，上、下水设备、电话总机等。由浙江天台县下炉、三合工艺厂用樟木雕刻了释迦牟尼等佛像15尊；浙江宁波佛像艺术研究所泥塑了四大天王、16尊者等佛像22尊；由苏州市民丰锅厂铸造了钟和宝鼎等法器。

在修复湛山寺的过程中，得到上海龙华寺明旸法师、玉佛寺真禅法师两位大法师和苏州西园寺安上法师的鼎力协助和支持。

1985年香港大光法师向青岛湛山寺赠送了佛舍利和倓虚法师舍利。

1986年12月30日湛山寺正式对外开放。

1988年北京广济寺首座明哲法师应邀来湛山寺兼任方丈。同年6月6日湛山寺举行了隆重的佛像开光和方丈升座仪式，中国佛教协会会长赵朴初、山东省人民代表大会常务委员会副主任马绪涛、山东省人民政府秘书长宇培皋、山东省民族事务委员会主任金宝珍、副主任许焕新、中共青岛市委副书记刘镇、青岛市人民代表大会常务委员会副主任李延令、香港湛山寺以及全国各地各大寺庙的170位来宾前往祝贺。

1989年，日本华侨王淑兰、孙盛兰居士捐资在湛山寺放生池内修建了“兰亭”一处，“兰亭”二字系中国佛教协会会长赵朴初所题。同年香港郭兆明居士捐资在湛山寺内修建了钟楼和鼓楼。

2001年湛山寺在明哲老和尚的带领下先后建立僧团组织，建全规章制度，改善寺院环境，规范佛事活动，开展慈善事业，加强佛教教育，重视人才培养，恢复湛山佛学院，开展海内外佛教文化交流，传授三坛大戒，几次维修药师佛塔，新建、改建湛山寺殿堂，寮房、斋堂、东山门、湛山晨钟、奥运和平钟、放生池、兰亭等。

2002年为了更好的绍隆佛种、续佛慧命，明公老和尚发心传授三坛大戒，得到了山东省、青岛市宗教局暨中国佛教协会的关心和支持。于2002年、2005年、2008年、2010年先后举办了四次传授三坛大戒盛大法会。

明哲老和尚积极响应赵朴初会长进一步加强佛教人才培养的指示精神，继承倓虚老和尚的办学懿德，在省、市宗教局的关怀支持下，发心恢复湛山佛学院，精心筹备，几经周折，终于在2004年8月份得到了国家宗教局的正式批准，取名为山东湛山佛学院，明哲老和尚任院长，并于2004年10月22日隆重举行了首届开学典礼。2006年创办了《菩提道》杂志，明哲老和尚担任主编。

自1988年明哲老和尚升座以来，新建、扩建的殿堂房屋，已超越了湛山寺原有房屋的一倍以上。1989年新增了钟、鼓二楼；1999年新建了湛山晨钟（钟高约2米、重6.8吨，由上海交大中华青铜公司制作）。2001年扩建了法堂（藏经楼），建筑面积1200平方米。2002年新建了大斋堂（般若堂），可以容纳500人同时用餐。2005年正式建设卧佛殿，上层为倓虚老法师纪念堂，中层供奉一尊半岛都市报大酒店赠送的整块缅甸玉卧佛，重约28吨。地下一层暂时为流通处库房。

2006年开工建设了上客堂、观音殿及周围的房屋。2008年8月奥运钟亭竣工，为庆祝北京奥帆赛开幕而建设。2010年11月筹备建设觉贤大师纪念堂，并于2011年12月20日举行觉贤大师法像开光祈福法会。2012年2月19日新观音殿开光祈福法会（观音殿里面一塑名贵翡翠观音而闻名广大信众）。

湛山寺倚山而建，从山门到藏经楼共四进，皆仿明代宫殿建筑，明柱外露，木石结构。全寺占地200余亩。分中、西、东三个院落。中院有天王殿、大雄宝殿、三圣殿、藏经楼。寺西院有倓虚法师纪念堂、三学堂和齐堂。东院设有安养院和素香斋，供老僧颐养天年及宾客食宿。寺东南有药师琉璃光如来宝塔，与寺相辉，湛山寺前蓄山泉之水而成放生池，池畔有兰亭，白玉观音菩萨立于池中，白玉栏杆护清波，水天一色洗尘埃。山门前一对石狮，肃立法门，石狮雕琢精细，系明代青州衡王府遗留的珍品。

山门横匾金字“湛山寺”，门旁两侧“常住、三宝”，东西石墙“转大法轮”、“佛日增辉”皆为倓虚法师手迹。

前往寺院时，会经过一个池塘。该池塘呈现生机勃勃的碧绿色，每到夏季，池塘里的莲花争相绽放，柳树的枝叶轻轻垂入水中。这个池塘吸引了许多信仰宗教人士前来放生祈福，因此得名“放生池”。

绕过水池，登上台阶，便是坐北面南、五进院落的寺院。第一进为山门，山门上有“湛山寺”3个大字。第二进便是天王殿，供奉弥勒菩萨。造型优美的钟楼、鼓楼分列于前庭的东西两侧。

绕过天王殿，为第三进院落，佛刹的中心建筑—大雄宝殿高高矗立在花岗岩台基上。大雄宝殿是寺院僧众早晚课诵和法会朝拜参修的殿堂。宝殿庭院阔大，青松参立，石板铺路。内供释迦牟尼佛、大智文殊菩萨、大行普贤菩萨，左右为16尊者塑像，殿后供海岛观音。

西方三圣殿，殿前石庭平舒宽展，更显广庭崇殿的庄严肃穆。殿内供阿弥陀佛，观世音菩萨、大势至菩萨，后供地藏王菩萨，殿两旁为功德堂。殿前横匾“海印遗风”。明代高僧憨山大师德清公，曾建海印寺于崂山那罗延窟之旁，后憨山被诬，罪谪广东　韶州，海印寺被毁，从此佛法绝迹。三百年后，居士捐资，倓虚弘法建湛山寺，试者称倓虚为憨山再来，便于三圣殿前悬挂《海印遗风》金字匾额，以志因缘。

三圣殿后为藏经楼。藏经楼，古式阁楼上下层，坚固防火，风格独特。藏经楼内藏《乾隆收大藏经》724函共7240册，收录佛教典藉1675部，为我国古代最大官刻汉文大藏经之一。另外收藏一部香港版《大藏续藏经》，精装151册，为影印本，乃正藏之续编。

湛山寺东南侧山丘上砖砌八边形七级药师塔（全名“药师琉璃光如来宝塔”），高28.31米，塔身外雕坐佛石像100余尊，塔四周立有28尊神态各异的石刻护法神像。

位于鱼山路（福山支路）11号公地，小鱼山顶上。1934年与湛山寺后殿同期兴建，占地12公亩，为二层楼房，上、下各为9间，上层中间5间为佛堂，楼下5间为讲经堂，可容听众200人左右，右两间为佛经流通处。

山下有石坊2座，前书“湛山精舍”，为叶恭绰手书，后书“回头是岸”，是吴郁生所题。

当时因湛山寺建于市外，居士们来往听经不便，于是由居士王湘汀出资，在市里兴建了一处居士们礼佛诵经之所，名青岛佛学会。后倓虚法师将其改为“湛山精舍”，作为湛山寺的下院，湛山寺作为出家师傅重修之所，湛山精舍为居士们修行之处。每逢星期日下午，倓虚法师或其他法师在此讲授佛教经义。每次集会，男女居士可达二三百人，风雨无阻。

青岛解放后，精舍的活动虽有所减少，但每周的讲经集会一直没有间断，直到1956年。

1959年因房屋逐渐倒塌被拆掉。1982年由园林部门将精舍旧址辟为小鱼山公园。

湛山寺藏经楼共有七部藏经，一部丛书集成（缺本）。七部藏经：影印宋《碛砂藏》，原藏共591函，6362卷，1 532部，影印时合订591册；清《龙藏》，共718函，7 168卷，1 662部。原来按千字文编号，始于天，终于机，应是724函，乾隆年间撤去6函。系周志辅、周志俊、周叔迦所赠；《百讷藏》亦称《杂藏》，系周志辅、周志俊、周叔迦所赠；影印日本字《续藏》，1942年倓虚法师从北京带来青岛；《频伽藏》常住出资，易如法师从济南买回；《大正新修大藏》（全藏），系周志辅、周志俊、周叔迦所赠。《大正藏》，此藏只有半部，有显藏，缺少密藏，系日本福田居士赠送。

1945年日本投降，遣俘时一日本人将其在华搜掠的弥勒佛铜、瓷、金、银铸之各种大小法身90余尊，留赠湛山寺。另外湛山寺还有各种玉雕、木雕、铜铸佛像10余尊，其中，最大一尊木质观音为国民党海军司令桂永清所赠。这些佛像，有的系隋、唐时代所造，十分珍贵。此外，还有名人字画，明版书籍、斯里兰卡巴利文贝页经10余页等名贵文物。这些藏经及文物在“文化大革命”中绝大部分被毁坏或失散，只有少部分经及时抢出，幸免毁坏，后保存在青岛市博物馆内。

湛山寺山门前有一对石狮子，系北魏年间的珍贵艺术雕塑，原在明朝益都衡王府门侧，德国人修筑胶济铁路时掠至青岛。1934年由胶济铁路委员长葛先庭赠送给湛山寺。在“文化大革命”中两个石狮子均遭到严重破坏。1984年在修复湛山寺时将被砸坏的石狮子也一并进行了修复。

十方常住丛林制：寺院为十方僧众所共有，“来者不拒，去者不留”，只要遵从寺之清规。

住持十方选贤制：由寺的两序大众、班首执事，会同诸山长老、护法居士等一起推选出一位德高望重，能荷担其任者为住持。住持的人选不限于寺内，外寺有德者亦可。当住持不称职，不能领众者，可以拉座（罢免）。拉座方法很简单，经班首执事和大众同意后，只要将斋堂住持坐位上的垫子翻过来，住持就得自觉告退。否则，执事告诉侍者送和尚下山，意思是“请吧！”。

执事邀请制：协助住持管理寺务的执事均由住持邀请。时间为每年农历正月十六日和七月十六日。方法是住持先选德才兼备能为大众办事的人，通过协商确定后，到任职日期由住持当众宣布，即各就各位。由住持邀请的执事有：监院、知客、维那、僧值、典座、寮元、衣钵、书记，系居士张伯祥所赠，设在藏经楼下，为半营业性质。印出的佛典，有的定价出售，有的结缘赠送。自印经处设立后，先后共印刷佛典20余种，主要有明藕益大师的《梵室偶谈》，明见月老人的《一梦漫言》，倓虚法师的《金刚经讲记》、《天台传佛心印记释要》、《始终心要义记》、《普门品讲录》、《大乘起信讲义》等。

湛山寺现住僧40余人，由中国佛教协会常务理事、青岛市佛教协会名誉会长明哲法师任方丈。明哲大师于1959年毕业于中国佛学院。在明哲法师的主持下，重整清规、严肃戒行，坚持日常早晚课诵和参禅修学。为弘扬佛法、培育人才还创办了僧伽学习班，光明佛学研修班，开办了法物流通处。

1996年9月，法国巴黎佛教同修会体念巴黎侨胞怀念祖国，渴望佛法情切，邀请明哲法师前往弘法利生。明哲法师在巴黎主持皈戒仪式，传播佛法，并赠送给同修会“发扬佛教文化、显密圆融无疑”的亲笔题字。

1992年，明老担任青岛市佛教协会赴香港佛教文化交流团团长访问香港，受到了香港佛教界的欢迎，并蒙香港湛山寺住持宝灯法师，代倓虚老和尚传授天台宗第四十五代法卷。2001年10月21日，明哲老和尚身为天台宗四十五代传人，于湛山寺法堂首次举行传授天台宗法脉大典。

2008年8月9日下午3时，海内外佛子集聚青岛黄海饭店会议中心，共同热烈庆祝青岛奥帆赛开幕。庆祝活动由山东省佛教协会主办，青岛市佛教协会、青岛湛山寺承办，山东湛山佛学院教务长妙源法师主持庆祝仪式。

2020年8月28日，青岛市召开“五教同光共致和谐——全市宗教界同心同向同行推进宗教中国化交流会”，与会人员观摩学习了青岛湛山寺“四进”活动开展情况，实地体验湛山寺精心打造的国旗广场、法律法规和社会主义核心价值观宣传长廊、中华优秀传统文化园等“四进”活动展示区，对湛山寺独具特色的“四进”活动给予高度评价。各全市性宗教团体班子成员，市委统战部副巡视员姜健、徐守举、郑秀敏和有关处室负责人共50余人参加会议。

1984年7月，原占湛山寺的单位全部搬走，青岛市人民政府先后拨款150万元，由青岛房屋修建公司承包，将被破坏的大雄宝殿、天王殿、三圣殿、藏经楼以及山门、石狮子、药师塔、方丈寮、僧寮、客房、讲经堂等进行了全面大修，同时还修建了厕所、道路，安装了输电线路，上、下水设备等。由浙江天台县下炉、三合工艺厂用樟木雕刻了释迦牟尼等佛像15尊；浙江宁波佛像艺术研究所泥塑了四大天王、16尊者等佛像22尊；由苏州市民丰锅厂铸造了钟和宝鼎等法器。