青岛黄海制药足球俱乐部由青岛黄海制药有限责任公司出资组建。球队前身青岛金星足球俱乐部成立于2005年4月16日，2008年7月2日在青岛民政局注册成立青岛衡业足球俱乐部。2012年1月13日，青岛衡业足球俱乐部黄海制药队宣布正式解散，球员大都被胶州风发足球俱乐部安基电力队接收。2014年1月27日，黄海制药与安基电力达成协议，前者接手了后者队的队员及新赛季各项比赛的参赛资格（包括青超和中国足协杯资格赛的资格）。2014年3月27日正式在工商部门注册成立“青岛黄海制药足球俱乐部有限公司”。2015年5月18日股权变更为青岛黄海源市政工程有限公司。

重返足球圈的青岛黄海制药足球俱乐部队以青岛风发足球俱乐部黄海制药队的名义顶替胶州风发足球俱乐部安基电力队参加了中国足协杯资格赛，并获得正赛资格。2014年中国足球协会业余联赛上，青岛黄海制药队获得季军，并准备报名2015年中国足球协会乙级联赛。但是在2015年1月23日，黄海制药股份有限公司与中甲青岛海牛足球俱乐部草签了股权转让协议，拥有俱乐部51%的股份，青岛海牛足球俱乐部冠以“青岛黄海海牛足球队”的名称征战2015年中国足球协会甲级联赛。为此，原青岛黄海制药足球俱乐部放弃了2015年中国足协杯和中国足球协会乙级联赛的资格。