相对于细菌、真菌等典型病原体而言的多种病原体的总称。经典的非典型病原体包括肺炎支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、军团菌，也有学者将贝氏立克次体列入其范畴。均为胞内致病原，主要引起下呼吸道感染，临床表现相似，如干咳，肺部影像表现明显，阳性体征较少，血白细胞和中性粒细胞不增高，氟喹诺酮类、大环内酯素或四环素类抗生素治疗有效。