新港海域的天然气开采平台突然发生剧烈爆炸，正在值班的EMC副主任薛冰（王海燕饰）立即率领救援人员在第一时间奔赴现场，途中，新港市又发生了强烈地震。在随后展开的调查中，各种数据均呈现出异常。新港市到底遭遇了什么威胁？是地质变化带来的灾难？还是温室效应提前降临？经过专家们的反复研究论证，最终证实了沈明杰提出的灾难论——新港正在面临前所未有的威胁。面对即将来临的灾难，新港市迅速启动了紧急预案，EMC人员也投入到组织协调全体市民撤离的工作中。

2005年12月3日，《非常24小时第二部》在深圳举行开机发布会。