核果木科的学名Putranjivaceae由模式属假黄杨属学名Putranjiva的复合形式Putranjiv-加上表示科的等级后缀-aceae构成。该词为复数形式，故在做主语时应与动词的复数形式搭配。

本科中文名与模式属假黄杨属中文名不一致，因为假黄杨属一度被视为核果木属Drypetes的异名，故为应用方便起见，科名用后者命名。然而现在假黄杨属一般仍作为独立的属处理。本科又有中文别名非洲核果木科，以假黄杨属的中文别名“非洲核果木属”命名。