鞭毛为一毛状细胞器，包括 2套中心纤丝和围绕在周围的9套纤丝，所以称9+2鞭毛。鞭毛分茸鞭和尾鞭两型：茸鞭主轴两侧生小茸毛；尾鞭平滑无茸毛，顶部短而细软。游动时茸鞭向前，尾鞭向后（见纤毛、鞭毛）。

鞭毛菌大多习居水中，仅少数两栖或陆生。腐生、寄生和专性寄生均有。能寄生于藻类、蕨类、种子植物、昆虫、鱼类以及其他真菌上。霜霉和白锈菌为害多种经济植物，疫霉和腐霉为害许多栽培植物，水霉为害鱼苗和鱼卵，而雕蚀菌则侵染蚊蚴，串胞壶菌杀灭线虫。

以往的多数真菌学家根据鞭毛的数目、有性生殖方式和细胞壁组分等将低等真菌分为壶菌和卵菌两条演化线。1969年美国的R.H.惠特克提出：鞭毛菌可能起源于单细胞鞭毛生物，演化线有 4条，即①壶菌线：演化出壶菌、芽枝菌和单毛菌；②卵菌线：演化出链壶菌、水霉、水节霉和霜霉；③前毛菌线：演化出前毛菌；④根肿菌线：演化出根肿菌。