当时哱拜造反，顾其志听说后，迅速驰马至督府，陈言：“灵武要地，无为贼所得”，并请求以身当指挥。吴世显投降卤而作叛，顾朝夕指挥军队，勉励将士以忠义为重，用计谋斩掉吴世显，从而使灵武得以太平。他的功绩遭到同僚的妒忌，后调广西，因功进升按察使。丁外忧，服阕，补山西，历任山东右布政使、陕西左布政使，擢右副都御史，巡抚其地税盐。梁永贪横不法，咸阳县宋时际、咸宁县满朝荐紧急捕拿之时，梁永反而诬陷时际、朝荐劫税，皇上命令逮捕时际，镌朝荐级。顾其志上疏，陈说梁永贪残的情况，又反映秦民万众共图杀永，后时际得到释放，再次任朝廷荐官。后来梁永又奏说诬陷朝荐劫夺上供物，杀人投尸河中，朝荐被逮，当时秦民非常愤怒，顾其志布谕安抚民众，连疏救朝荐。那时梁永正撤还关中，才得以太平。后顾其志筑永泰镇，虏二城，募民屯种，遂成巨镇。以功加兵部侍郎，擢总督三边军务，进南京兵部尚书。卒，赠太子太保。撰有《抚奏疏稿》4卷、《筹陕存牍类抄》2卷、《逸事》1卷、《揽茞微言》1卷及《劝戒图说》。