1．多种模式并存，不利于财政业务标准化建设。虽然各地根据当地实际情况自行设置符合本地区的预算指标管理模式便于业务操作，但从国外先进国家改革经验来看，标准化业务流程不但可以大幅度提高工作效率，而且可以节省大量人力物力此外，从财政改革总的趋势看， 实行标准化管理是大势所趋。

2．信息化水平低，不利于财政预算执行和控制。各地市预算指标管理大部分仍采用手工核算方式，由于手工核算存在效率低的固有问题，使得各级财政预算执行中指标控制效果不理想，难以做到真正意义上的预算执行指标控制。

3．预算随意调整现象普遍，预算法定约束性弱化。根据预算法，经过人代会通过的预算具有法定约束性，财政部门不得随意对其进行调整，对通过的专项也不得任意更改。但在预算指标控制方式下，由于年初预算项目编制粗线条， 支出预算难以细化到单位和项目，人代会已经通过但年初不下达的专项在执行过程中难以严格按规定的用途落实，使得预算调整随意性较大， 弱化了预算的法定约束性。