嘉靖二十八年（1549），考中举人。

嘉靖三十五年（1556），考中进士。

嘉靖三十六年（1557），授行人。

嘉靖四十年（1561），擢山东道御史，出视仓场。奸人马汉（《国朝献徵录》作冯汉）借助定国公的势力，借高利贷给漕卒，没有按时偿还，则没收漕粮，为仇家所揭发。马汉持定国公的书信至，颜鲸将他正法。

嘉靖四十一年（1562），直隶、山东、山西、河南、河北发生灾荒。颜鲸请求让州县赃罚银不要输送京师，全部换成米粟以备赈灾。内府新钱为籴本，得到明世宗的采纳。颜鲸上奏漕政便宜六事。

嘉靖四十二年（1563），颜鲸出按河南，与河南巡抚胡尧臣弹劾伊王朱典楧抗旨、矫敕、僣拟、淫虐十大罪，明世宗震怒，废伊王为庶人，将他囚禁，没收他的财产，削去世袭的王位。河南、河北人鼓舞相庆。颜鲸又治理景王、魏国公侵夺民产。改任提督直隶学政。颜鲸弹劾朱希孝乱法，明世宗大怒，责问颜鲸诋毁诬陷勋臣，贬官安仁典史。历任宝庆府推官、南京兵部武选司主事。