清康熙三十七年（1698年），西迁的土尔扈特贵族阿拉布珠尔来中国西藏礼佛，五年后从西藏返回时，因土尔扈特汗国和准噶尔汗国交恶，归路被阻，因此请求内附清朝。康熙皇帝下令将嘉峪关外、阿尔金山以东划为其牧地。

清雍正七年（1729年），阿拉布珠尔之子丹忠因牧地狭窄，请求移居额济纳河流域，翌年获得清廷批准，从此额济纳一带成为土尔扈特人的牧地。

清乾隆十八年（1753年），设置额济纳旧土尔扈特特别旗。

民国元年（1912年），直属国民政府蒙藏委员会，由宁夏护军兼辖。

民国十七年（1928年）11月，隶属宁夏省政府管辖。

民国三十八年（1949年）9月，额济纳旗和平解放，初由甘肃省酒泉专署代管。

1951年2月，归宁夏省直辖。

1954年11月，初由张掖专署代管。同年同年11月30日，改隶酒泉专署。

1956年6月1日，划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟。

1969年9月9日，划归甘肃省酒泉地区。

1979年7月1日，划归内蒙古自治区。

1980年5月1日，隶属内蒙古自治区阿拉善盟。

2001年，撤销吉日嘎郎图苏木，并入达来呼布镇。

2005年1月，设立东风镇。

2006年，额济纳旗将原有的8个苏木镇调整为5个苏木镇，撤销合并苏木镇3个。其中，将温图高勒苏木并入达来呼布镇；撤销古日乃苏木和巴彦宝格德苏木并入新建的东风镇。此外，原苏泊淖尔苏木、赛汉陶来苏木、马鬃山苏木保留，行政区域不变。

2009年，将额济纳旗马鬃山苏木的乌兰乌拉嘎查从马鬃山苏木分离出来，设置哈日布日格德音乌拉（黑鹰山）镇。

2012年初，从达来呼布镇划出部分区域设立巴彦陶来苏木、温图高勒苏木。

2017年，将额济纳旗东风镇部分行政区域划出，设置额济纳旗东风街道办事处。将额济纳旗东风镇空军某基地驻地部分行政区域划出，设置额济纳旗航空街道办事处。

2018年，从额济纳旗东风镇划出部分区域，设立巴音陶海苏木。

截至2022年10月，额济纳旗辖2个街道、3个镇、6个苏木。旗人民政府驻达来呼布镇。

额济纳旗位于内蒙古自治区西部、阿拉善盟西部，介于北纬39°52'—42°47'、东经97°10'—103°7'之间，毗邻4个旗、县（市），东与阿拉善右旗毗邻，西和西南与甘肃省酒泉市肃北蒙古族自治县、玉门市、金塔县交界，北与蒙古国接壤，国境线全长507.14千米。全旗总面积为114606平方千米，南北最长距离约324.22千米，东西最长距离约488.59千米。

额济纳旗地处蒙古高原和阿尔泰山脉交汇处，地形由西南向东北逐渐倾斜，呈四周高，中间低平状，海拔高度在898米—1598米之间，地貌主要由戈壁、低山、沙漠、河流、湖泊和绿洲等构成。

额济纳旗属温带大陆性气候，具有干旱少雨，蒸发量大，日照充足，温差较大，风沙多等气候特点。年均气温8.3℃，1月平均气温-11.6℃，极端低温-36.4℃，7月平均气温26.6℃，极端高温42.5℃，年日均气温8.6℃。无霜期天数最短179天，最长227天。年均降水量37毫米，年极端最大降水量103.0毫米，最小降水量7.0毫米。年均蒸发量3841.51毫米，湿润度0.01毫米。常见天气现象多风，春、冬季各月发生较多，尤以春季为甚。年均≥8级以上大风日数44天，大风常伴随沙尘暴，年均沙尘暴次数14次。

额济纳旗境内已发现各类矿产50种，矿床、矿（化）点270余处。查明资源储量的矿产20种，煤、铁、硫铁矿、铬、铜、金、银、铅、锌、钨、钼、锑、铋、镓、钛、萤石、芒硝、玛瑙、饰面用花岗岩、磷、砷矿等，矿产地35处。石油、石油天然气、锰、锡、铌、稀土、石膏、盐、碱、大理岩、白云岩、凝灰岩、饰面用花岗岩、脉石英、建筑用石材、建筑用砂、砖瓦土等17种矿产，矿产地68处，已查明资源储量。已发现未查明的矿产有：铀、钽、钍、钴、铷、铍、晶质石墨、白钠镁钒、汞、锂、钾盐、镁盐、油页岩、观赏石、冰洲石、重晶石、水晶、芒硝等18种矿产；发现矿点、矿化点140处。

额济纳旗境内分布有野生植物37科、153种，代表植物有胡杨、沙枣、梭梭、柽柳、白刺、红砂、沙拐枣、霸王、沙冬青、蒙扁桃、芦苇、苦豆、盐爪爪、芨芨草、戈壁针茅、木本猪毛菜、甘草、冰草等，其中国家及内蒙古自治区重点保护的珍稀野生植物主要有胡杨、梭梭、裸果木、蒙古扁桃、瓣鳞花、沙冬青、肉苁蓉等。

额济纳旗境内分布有野生动物（不包括昆虫）118种，分属5纲、21目、43科。其中，属国家Ⅰ级保护动物5种，主要有：黑鹳、大鸨、波斑鸨、野驴、北山羊等；Ⅱ级保护动物14种主要有：鸳鸯、疣鼻天鹅、秃鹫、鹗、暗腹雪鸡、灰鹤、水獭、猞猁、鹅喉羚、盘羊、隼、兀鹫等。

额济纳旗地表水资源总量为5.82亿立方米，其中：额济纳旗通过黑河多年平均入境的地表水资源量为5.51亿立方米（巴彦宝格德）；额济纳旗黑河以外的入境（蒙古国）地表水资源量多年平均为3107万立方米。地表水可利用总量为6160.89万立方米，地下水资源可利用总量为16501.11万立方米，其中：承压水资源可开采量为2461.69万立方米。

根据第七次人口普查数据，截至2020年11月1日零时，额济纳旗常住人口为35756人。

截至2021年末，额济纳旗户籍人口为19454人，其中：城镇13072人，乡村6382人；男性9607人，女性9847人；常住人口为36300人。

额济纳旗境内居住有蒙古族、汉族、回族、满族、藏族、裕固族、达斡尔族、俄罗斯族等民族。截至2021年末，额济纳旗常住人口中，汉族人口为26542人，占81.89%；蒙古族人口为5217人，占16.1%；其他少数民族人口为651人，占2.01%。

2021年，额济纳旗实现地区生产总值（GDP）37.60亿元，同比下降5.4%；第一、二、三次产业增加值的比例为7.31:22.46:70.23。

2021年，额济纳旗一般公共预算收入2.95亿元；一般公共预算支出9.36亿元。

2021年，额济纳旗固定资产投资同比下降14.6%。其中，房地产开发投资额同比增长3.4%。

2021年，额济纳旗全体居民人均可支配收入44040元，同比增长7.3%。其中，城镇常住居民人均可支配收入48120元，同比增长7.1%；农村牧区常住居民人均可支配收入29286元，同比增长8.8%。

2021年，额济纳旗第一产业增加值2.75亿元，同比增长5.5%，占地区生产总值的比重为7.31%。

2021年，额济纳旗耕地面积3827.5公顷，同比下降35.4%；设施农业种植占地面积4.3公顷，同比下降44.87%；耕地灌溉面积3401.2公顷，同比下降16.36%；农作物播种面积4492.9公顷，同比下降5.7%；粮食作物播种面积339公顷，同比下降1.83%，粮食总产量2099吨。其中，玉米播种面积327.9公顷，玉米产量2091.4吨，同比增长1.13%；棉花播种面积20公顷，同比下降59.35%；棉花产量30吨，同比下降54.82%；蔬菜播种面积2.2公顷，同比下降12%。肉类总产量1103.4吨，同比增长3.59%。其中：猪肉27.9吨，同比增长458%；牛肉32.2吨，同比增长12.96%；羊肉564.4吨，同比增长17.36%；禽肉2.3吨，同比下降75.53%；禽蛋产量2.6吨，同比下降56.67%；奶类产量10吨，同比增长1.01%；蔬菜产量100.1吨，同比增长87.45%。

2021年，额济纳旗第二产业增加值8.45亿元，同比下降30.9%，占地区生产总值的比重为22.46%。

2021年，额济纳旗规模以上工业企业9家，规模以上工业企业总产值同比下降47.43%，工业增加值同比下降36.6%。几种主要工业产品产量有增有降，其中铁矿石17.59万吨，同比下降15.24%；洗精煤74.08万吨，同比下降57.59%；铁精粉0.62万吨，同比下降97.63%；供电量27686.31万千瓦时，同比增长2.87%；发电量20302.1万千瓦时，同比增长8.34%。

2021年，额济纳旗第三产业增加值26.40亿元，同比增长3.8%，占地区生产总值的比重为70.23%。

2021年，额济纳旗社会消费品零售总额9.29亿元，同比增长2.41%。按销售单位所在地分：城镇7.52亿元，同比增长12.1%；乡村1.77亿元，同比下降25.1%。按消费形态分：餐饮收入4.06亿元，同比增长21.5%；商品零售5.24亿元，同比下降8.7%。

2021年，额济纳旗金融机构各项贷款余额40.76亿元，同比增长13.32%。其中：住户存款余额22.87亿元，同比增长8.51%；金融机构各项贷款余额24.73亿元，同比增长13.86%。固定电话用户3318户，同比增长118.87%；移动电话用户36150户，同比增长5.02%；互联网宽带接入用户15354户，同比增长34.37%。

截至2021年末，额济纳旗公路货运量539.5万吨、客运量42.1万人次，铁路货运量445.6万吨、客运量10.35万人次，航空旅客吞吐量1.19万人次。境内公路总里程达2985.34千米，其中，沥青混凝土、水泥混凝土路面共计2217.04千米，占公路总里程74%，三级以上公路（含三级）1595.499千米，占总里程53%。按公路类型划分，国道1298.458千米，省道350.489千米，县道483.122千米，乡道460.14千米，村道393.135千米。

截至2021年末，额济纳旗有普通高中1所，在校学生277人其中，少数民族在校学生32人；有普通初中1所，在校学生482人，其中少数民族在校学生116人；有小学1所，在校学生1456人；公办幼儿园3所，在园幼儿890人；普通中学专任教师106人，小学专任教师131人，其中民族小学专任教师48人。

截至2021年末，额济纳旗专利授权5件。

截至2021年末，额济纳旗公共图书馆藏书6.44万册；有艺术表演团体5个，其中，乌兰牧骑1个；有文化馆1座，公共图书馆1座，博物馆1座，档案馆1座，剧场、影剧院2个，体育场馆3个，公共图书馆书藏量6.5万册；广播综合人口覆盖率95.8%，电视综合人口覆盖率99%，有线广播电视用户4900户。

截至2021年末，额济纳旗医疗卫生从业人员411人，其中，临床医学71人，中医学12人，蒙医学41人，护理学101人，医学检验15人，药剂学17人，其他卫生专业154人。卫生技术人员259人，其中：执业（助理）医师99人；核定床位总数240张，实际开放床位158张，其中，旗人民医院90张，蒙医医院24张，苏木镇卫生院30张，妇幼保健中心10张，社区卫生服务中心4张；卫生健康系统共有救护车18辆，其中负压救护车4辆、负压担架4架，普通救护车14辆。现有设备包括：飞利浦1.5T磁共振成像、西门子64排128层螺旋CT机、移动DR机、飞利浦双板DR、核酸提取仪、扩增仪、西门子数字胃肠机、超声彩色多普勒仪、呼吸机（10台）、麻醉机、除颤仪、免疫分析仪、生化全自动分析仪、尿液有形成分分析仪、全血细胞分析仪、电解质分析仪、粪便、血流变分析仪、幽门螺旋杆菌测试仪、微量泵、空气消毒机、移动制氧机等先进设备。

截至2021年末，额济纳旗提供住宿的民政服务机构1个，机构床位数102张。城镇职工基本养老保险参保人数9476人，同比增长5.82%；城乡居民基本养老保险参保人数5495人，同比增长0.73%；基本医疗保险参保人数19441人，同比增长3.59%；失业保险参保人数3219人，同比增长0.22%；城镇居民最低生活保障人数66人，同比下降13.16%；农村居民最低生活保障人数13人。

“额济纳”系“亦集乃”转音，为西夏党项族语，意为“黑水”。

额济纳旗地方方言为汉语兰银官话—银吴片、蒙古语土尔扈特方言。

萨吾尔登，内蒙古自治区额济纳旗蒙古族民间舞蹈。“沙吾尔登”产生于“土尔扈特”、“杜尔伯特”、“准格尔”和“和硕特”四部组成的“卫拉特”蒙古部。2021年5月24日，萨吾尔登经国务院批准列入《第五批国家级非物质文化遗产代表性项目名录》。

胡杨林风景区

胡杨林风景区，位于内蒙古自治区阿拉善盟额济纳旗，为国家AAAAA级旅游景区。额济纳旗现有胡杨林38万亩，是全球仅存的三大胡杨林区之一，另两处是北非的撒哈拉沙漠和新疆塔里木盆地的塔克拉玛干沙漠。

居延海风景

居延海风景，位于内蒙古自治区阿拉善盟额济纳旗北部，为国家AAA级旅游景区、国家水利风景区，形状狭长弯曲，有如新月，额济纳河汇入湖中，是居延海最主要的补给水源。居延是匈奴语，《水经注》中将其译为弱水流沙，在汉代时曾称其为居延泽，魏晋时称之为西海，唐代起称之为居延海，现称天鹅湖。

额济纳胡杨林国家级自然保护区

额济纳胡杨林国家级自然保护区，位于额济纳旗的中心位置—额济纳绿洲，西邻额济纳旗政府驻地达来呼布镇，北临居延海，总面积26253公顷，属野生植物类型自然保护区。2003年1月，经国务院批准建立国家级自然保护区。保护区主要保护对象是胡杨林植物群落、珍稀濒危动植物物种、荒漠绿洲森林生态系统及其生物多样性。

额济纳蜜瓜，内蒙古自治区额济纳旗特产，于2017年登记为全国农产品地理标志。额济纳蜜瓜个大、形美，瓜肉色如晶玉，外形呈长卵圆，单果重2—3千克，皮色为绿色、金黄色，果柄处布有粗网纹。

2016年2月5日，额济纳旗入选“2015年全国义务教育发展基本均衡县（市、区）名单”。

2017年7月，额济纳旗入选“2016年全国双拥模范城（县）名单”。

2019年12月9日，额济纳旗入选“第七批全国民族团结进步示范区（单位）名单”。

2020年7月17日，额济纳旗入选“全国双拥模范城（县）”。

2020年7月29日，额济纳旗入选“2017—2019周期国家卫生乡镇（县城）命名名单”。

2021年1月，额济纳旗入选“2021—2023年创建周期全国文明城市提名城市名单”。

2021年8月，额济纳旗入选“2021年电子商务进农村综合示范县名单（第二批）”。