《风云1949》讲述了1949年4月20日，中国国民党的南京国民政府拒绝在国内和平协定上签字，4月21日，毛泽东、朱德向中国人民解放军联合发布“向全国进军的命令”。千里长江战线硝烟弥漫、战火连天，4月22日，人民解放军占领南京。全国解放势如破竹，新中国如破晓的红日喷薄而出。

北平和平解放前夕，解放军某师参谋长冯天祥被任命为309办公室副主任。专门负责党中央和毛主席及民主人士的安全保卫工作，并协助中央准备建国事宜。与此同时，南京方面毛人凤任命老牌特工段云飞为新任北平站站长，命其找出中共中央和毛泽东住地具体位置，开展破坏刺杀活动。

开国大典正在紧张地筹备中，段云飞不断制造各种暗杀和破坏活动，制造紧张气氛，矛头直指冯天祥(黄志忠饰)。冯天祥知道，不除掉段云飞，将会给开国大典埋下巨大隐患。