在飞行质谱的检测系统中，信号由高速的模拟数字转化器传化并记录，被测定的蛋白质以一系列峰的形式呈现，这些特异的峰可看成此类疾病的指纹。单个蛋白在谱图上的位置取决于飞行时间。seldi携有特有的软件，能快速处理、分析大量的信息，可以进行定量测定。利用飞行质谱能发现过去无法分离检测的新的疾病蛋白谱图。目前国际上普遍认为应用该方法检测微量蛋白快速、重复性好。