这套史料由海峡两岸出版交流中心与中国第一、二历史档案馆共同编纂，中国第二历史档案馆是集中保管中华民国时期，1912到1949年间，历届中央政权机关及其直属机构档案的国家级档案馆。馆藏档案卷帙浩繁，光到2003年，共收藏有18多万卷，其中涉台档案内容丰富。

由于《馆藏民国台湾档案汇编》篇幅多达300册，内容钜细靡遗，包括1912年到1945年9月，台湾同胞归国求学、工作、参加抗日活动及国民政府筹备收回台湾的相关档案，也包含争议多时的二二八事件。

另一部份则是1945年10月後到1949年，台湾省行政长官公署、台湾省政府所属各机构与国民党中央政府的来往都有存档，包括公务文书、照片、图片等。

《馆藏民国台湾档案汇编》所选档案史料揭露了日本对台湾的殖民统治，记录了台湾同胞在日据时期心向祖国，与日本殖民统治当局进行的不屈抗争；反映了抗战胜利前后中国政府对台湾地区的接收、管理及全面安排台湾光复后经济、文化、教育等重建工作，是研究台湾与祖国关系不可多得的第一手史料，具有极高的研究、参考与收藏价值。