更新时间：2024-09-29 14:07
元至顺二年（1331年），耶律楚材后裔耶律阿吉将府邸改建为一座供佛小舍，称碧云庵。
明正德年间，御马监太监对碧云庵进行扩建，改称碧云寺，并在碧云庵后为自己修建坟墓，后因在明嘉靖年间获罪，不能葬身此处。
明天启三年（1623年），魏忠贤扩建碧云寺，并修建坟墓，后因在明崇祯年间自缢后戮尸，不能葬身此处。
清顺治元年（1644年），魏忠贤的党羽葛九思随清军入京，将魏忠贤之衣冠葬在墓中，成为魏忠贤的衣冠冢。
清康熙四十年（1701年），江南道监察御史奉命巡视西山时，初以为这里是前朝皇帝陵寝，后来知道是魏忠贤衣冠冢，遂于五月十二日上奏此事，二十二日康熙帝诏平其坟。
清乾隆十三年（1748年），碧云寺重加修葺，并按寺僧所贡奉的图样，新建金刚宝座塔，同时增建行宫和罗汉堂。
民国十四年（1925年），孙中山先生在北京逝世，曾在碧云寺后殿停灵，因此后殿改名为孙中山纪念堂，金刚宝座塔成为孙中山先生衣冠冢。
1983年，颐和园东门外拓宽马路，将路旁的孙中山画像纪念碑移建至碧云寺金刚宝座塔前空地上。
2023年11月20日，碧云寺关闭进行保护修缮。作为西山永定河文化带建设折子工程之一，此次共对罗汉堂、菩萨殿等7处文物建筑进行修缮，修缮面积2837.13平方米，约占全寺建筑总量的三分之一。
2024年9月26日起，碧云寺完成修缮工作恢复对外开放，每周一闭馆（法定节假日除外）。
碧云寺坐西朝东，占地面积40000平方米，依山势而层层叠起，其建筑呈明显南北对称轴线式布局，分为中路主要建筑、水泉院建筑和罗汉堂建筑三大部分。中路主要建筑有山门、山门殿、弥勒殿、大雄宝殿、菩萨殿、孙中山纪念堂、金刚宝座塔；罗汉堂建筑有禅堂、罗汉堂、藏经阁；水泉院建筑为乾隆帝行宫，有涵碧斋、含青斋、洗心亭、清净心、试泉悦性山房、龙王庙等。
水泉院位于碧云寺北跨院，是一座融园林景观和居住殿堂于一体的皇家行宫建筑。整个院落坐西朝东，前三进院为含青斋建筑群，后两进院为水泉院。
罗汉堂仿杭州净慈寺罗汉堂而建，位于碧云寺南路，坐西朝东，面阔九间，庑殿顶，简瓦屋面，正吻装饰一座小型覆钵塔。前檐出三间歇山顶抱厦，明间檐下金字卧赢书“罗汉堂”正门内供奉四大天王，室内有罗汉像508尊罗汉。殿中心为三世佛像，四面通道上各立一尊佛，东面为护法金刚韦驮，北面为疯僧，西面是地藏菩萨，南面为接引佛。另外，北面房梁上有济公活佛。
碧云寺是集中明、清两代文物的地方，代表着两个时代的建筑艺术的特色，正殿仍保有明代风格，大石牌坊是明末清初雕制艺术的例证，它和金刚宝座塔的雕制迥然不同。金刚宝座塔是清代极盛时期的代表作品。对研究明、清两朝的建筑提供了实物资料。
1957年10月28日，碧云寺被北京市人民政府公布为北京市第一批市级文物保护单位。
2001年6月25日，碧云寺被中华人民共和国国务院公布为第五批全国重点文物保护单位。
2022年12月27日，碧云寺（孙中山先生纪念堂）被北京市文物局公布为北京市第二批不可移动革命文物。
碧云寺位于北京市海淀区买卖街40号香山公园内。
北京市内乘坐563路公交车，在香山公园东门站下车前往。
北京市海淀区人民政府距离碧云寺约12.2千米，驾车约25分钟。