1997年2月20日，英属香港政府飞行服务队的双引擎飞机在新机场着陆，完成新机场首次飞机着陆仪式；12月31日，香港机场管理局宣布成立一家名为机场保安有限公司的附属公司，为新机场提供航空保安服务。

1998年1月18日，香港机场管理局在客运大楼举行第一次试运作，测试大楼的运作就绪情况，另有950名来自香港机场管理局、香港特别行政区政府部门和航空公司的职员参加；1998年1月23日，香港特别行政区政府在宪报刊登机管局的机场收费计划；该计划适用于新香港国际机场；2月15日，香港机场管理局在客运大楼举行第二次试运作，测试大楼的运作就绪情况；3月28日，香港机场管理局在客运大楼举行第三次试运作，测试大楼的运作就绪情况；5月2日，香港机场管理局在第四次机场试运作中，747型飞机于新机场著陆，成为首架在新机场著陆的商用航机，旅客捷运系统亦首次投入运作；6月21日，机场快线及地铁站东涌站举行启用典礼；7月2日，时任中华人民共和国国家主席江泽民主持香港国际机场开幕仪式；7月6日，香港特别行政区政府宣布新机场启用，并命名为香港国际机场；12月27日，香港国际机场在一天内接待超过10万名旅客，这是机场启用以来旅客人数最多的纪录。

2009年10月14日，香港机场管理局主席张建东博士对行政长官支持机场发展中场范围表示欢迎；中场范围发展计划将为机场提供额外的停机位、机坪设施，以及新的客运廊，令香港可应付直到2020年的预计航空交通需求。

2016年3月31日，香港国际机场中场客运大楼开幕，如期全面投入运作，提升机场客运能力；8月1日，香港国际机场三跑道系统工程正式启动。

2022年4月，香港国际机场第三跑道已顺利完成试飞；7月8日起，香港国际机场第三跑道开始航班升降。此外，香港国际机场中跑道将关闭作重新配置，连同其他三跑道系统工程项目，包括二号客运大楼扩建、新T2客运廊、新旅客捷运系统及行李处理系统等，目标于2024年如期完成整项工程。11月1日，连接香港国际机场一号客运大楼与T1卫星客运廊的天际走廊正式启用。11月25日，香港国际机场第三跑道正式启用。

2023年8月30日，香港国际机场海天中转大楼开始试行运作。

2024年4月28日，香港航空恢复往来香港至塞班岛的航班。5月14日，香港机场管理局公布，香港国际机场的旅客保安费计划于2025年1月1日起由55港元调整至65港元，并视乎机场客运量增长及当前客运需求，可于2027年起分阶段调整至75港元。于2025年1月1日前发出的机票，即使出发日期为1月1日或之后，都不须征收调整后的费用。7月1日，中国南方航空开通喀什至香港直飞航线。7月9日，香港航空开通来往香港及西宁的航线。7月，香港国际机场东莞空港中心首条飞往阿根廷航班顺利启航。该航班由卡塔尔航空、铂睿集团、东莞港务集团联合打造，执飞机型为波音777F货机，满载102吨货物从空港中心出发。7月12日，大湾区航空开通海口—香港航线。7月，香港国际机场中跑道碎石沥青摊铺全线贯通。7月31日，香港机场管理局(机管局)宣布正式推出全球首创的手机特快行李托运服务。7月，香港国际机场客运量约480万人次，与2023年同期相比上升24.7%，创2023年2月6日香港与内地全面恢复通关以来新高，飞机起降量同比攀升29.3%至31100架次。9月9日，香港机场管理局公布，重新配置的香港国际机场中跑道完成试飞，标志着三跑道全面运作已准备就绪。9月15日下午，一架满载国内跨境电商及外贸货物的全货机航班从中国香港国际机场起飞，前往格鲁吉亚第比利斯国际机场，标志着新疆商贸物流（集团）有限公司 “天山号”香港—第比利斯国际全货机航线正式开通。10月9日，惠州首个香港国际机场城市候机楼正式启用。10月10日，香港航空发布消息，将于2024年12月18日开通来往香港及日本仙台的新航线，逢周一、三、六提供直航日本东北地区的服务。11月7日，大湾区航空开办香港直飞舟山的定期航班服务，新航线提供每周3班往返香港国际机场与舟山普陀山国际机场的航班。

香港国际机场一期（一号客运大楼）工程于1993年12月21日正式动工，1998年7月6日正式完工并投入使用。占地57万平方米，一号客运大楼（T1航站楼）内设登机柜位、接机区及香港机场购物廊，机场客运廊（即登机闸1-80及511-530）、指示牌、3千米长的自动行人扶手电梯、无人驾驶铁路等，也设有地面运输中心，提供机场巴士服务、的士服务、酒店专车泊位等，共设立有49个停机位，设立于停机坪上的停机位则有27个，货运停机坪的停机位则有36个。

香港国际机场二期（二号客运大楼）工程于1993年12月21日正式动工，2007年2月正式完工并投入使用，耗资28亿港元。二号客运大楼（T2航站楼）占地140000平方米，链接接通海、陆、空的交通枢杻。二号客运大楼（T2航站楼）接驳海路的海天客运码头，设有大型旅游车总站，二号客运大楼（T2航站楼）东北面的七层高的机场行政大楼（HKIA Tower）为香港机场管理局的总部，总楼面面积为19000平方米，天台辟为机场展望台，与航空探知馆连接，可全面处理离境及到达行李搬运，建筑面积100000平方米提升至250000平方米。二号客运大楼（T2航站楼）在3楼地面层，两端及中间均设有出入口分别连接地面运输中心及一号客运大楼（T1航站楼）抵港层，二号客运大楼（T2航站楼）登机柜位设于第5层，设有56个登机柜位，适时可增至112个；共有3个登记区（N、P、Q）。

截至2019年6月，香港国际机场拥有基地航空5家，分别为国泰航空有限公司、国泰港龙航空（已停运）、香港华民航空、香港航空、香港快运航空；其中国泰航空、国泰港龙航空（已停运）、香港华民航空、香港航空、香港快运航空在香港设立总公司。截至2019年6月，香港国际机场航线总数超过220条，通航城市超过220个。

据2019年6月中国东方航空官网信息显示，香港国际机场于航班起飞前40分钟停止办理乘机手续。

2024年6月25日，香港机场管理局(机管局) 公布，5月香港国际机场处理的客运量达407万人次，飞机起降量为29855架次，分别同比增加30.8%及34.5%。2024年首5个月，机场客运量为2100万人次。

2024年7月24日，香港机场管理局公布，2024年上半年，香港国际机场客运量为2530万人次，与2023年同期相比增加52.8%，飞机起降量同比上升47.1%至174745架次，货运量同比增加17.9%至240万吨。

2024年10月22日，香港机场管理局(机管局)公布，2024年首三季，香港国际机场处理的客运量达3900万人次，飞机起降量上升至逾26.7万架次，分别录得同比40.9%及同比39%的升幅。

2024年3月，香港机场管理局公布香港国际机场2024年2月份航空交通量。2月内，机场录得客运量420万人次，飞机起降量27615架次，与2023年同月的低基数比较，分别按年增加96.5%及69.3%。农历新年假期间，机场于2月7日至18日平均每天处理逾15万人次旅客，以及超过960架次飞机起降量。机场于2月18日录得的客运量达160600人次，于2月7日的飞机起降量为1029架次，均为今个农历新年假期间最高的单日高峰。

2018年9月20日起，香港国际机场正式启用自助保安闸口，采用生物特征技术，为离港旅客进入机场禁区前核对证件。

香港机场管理局首阶段在一号客运大楼（T1航站楼）南离港大堂装设四部自助保安闸口，该资助保安闸口备有证件阅读器及镜头，可让旅客自行扫描身份证件及登机证，再透过容貌辨识技术核对数据，自助通关，整个过程仅需约20秒即可完成。

香港机场管理局表示，任何年满11岁并持有有效电子证件的旅客皆可使用自助保安闸口，无须预先登记。香港机场管理局期望在两年内将生物特征及容貌辨识技术扩展至登记及登机程序，旅客只需在第一个程序中登记证件及登机证，并进行容貌辨识，之后便可以容貌核对身份，不需再取出证件及登机证。

港铁机场快线来往机场站与中环站，车程约24分钟。于每天05:54至23:28期间，列车每10分钟开出一班；由23:28至00:48期间列车服务约12分钟一班。

二号客运大楼（T2航站楼）设有中国内地、中国澳门交通服务中心，提供经不同跨境陆路口岸前往深圳、广州、东莞、惠州、佛山、中山、珠海、澳门及珠三角洲西部地区的客车服务。

市区的士（红色）在香港大部分地区提供服务（东涌道及南大屿山的道路除外）。

市区的士：可行走机场及香港各区，但不得行走东涌道及大屿山南部的道路。起步价为22港元，2千米之后为每0.2千米1.6元，等候时间为1.6元/分钟，每件行李（轻便行李除外）或每只动物5元。

新界的士（绿色）主要在新界东北（即沙田以北）及新界西北（即荃湾以北）提供服务。

新界的士：只可行走新界地区，以及大屿山及赤鱲角若干指定道路，以接载乘客往返地面运输中心。起步价为港币18.5元，2千米后为每0.2千米1.4元，等候时间为1.4元/分钟，每件行李（轻便行李除外）或每只动物5元。

大屿山的士（蓝色）只限在大屿山及赤鱲角提供服务。

大屿山出租车：可行走大屿山及机场岛各区。起步价为港币17元，2千米后为每0.2千米1.4元，等候时间为1.4元/分钟，每件行李（轻便行李除外）或每只动物5元。

香港国际机场设有海天客运码头，为中转旅客提供快船服务；海天客运码头的快船服务连系珠江三角洲及澳门九个口岸，方便区内旅客经香港国际机场往来全球220个航点。

通航的码头为：东莞虎门码头、广州莲花山码头、广州南沙码头、澳门（外港客运码头）、澳门（凼仔）、深圳福永码头、深圳蛇口码头、中山码头、珠海九洲码头。

海天中转大楼毗邻海天客运码头，位于香港国际机场限制区内，楼高五层。

粤港澳大湾区的过境旅客可以先在澳门或珠海口岸的航空公司柜位托运行李和领取登机证，然后坐上专用接驳巴士，经港珠澳大桥直达中转大楼。在海天中转大楼下车后，过境旅客会经捷运系统前往离境航班的登机闸口，无须办理香港出入境手续，大大提升清关效率。旅客托运的行李则会从澳门或珠海口岸直挂至海外目的地。海外旅客亦可使用海天中转大楼的服务，经港珠澳大桥由香港前往澳门或珠海。

2023年9月2日，香港运输及物流局局长林世雄发表题为《机场「海天中转大楼」试行运作》的网志，称新落成的海天中转大楼已于8月30日开始试行运作，预计2023年内正式全面启用。

2016年4月26日，行政长官会同行政会议核准赤鱲角分区计划大纲草图，以及根据《前滨及海床（填海工程）条例》批准就香港国际机场扩建成为三跑道系统的填海工程。

三跑道系统的一项主要特色，是建立一座以旅客为本，融合尖端科技和环保设计的全新客运大楼。三跑道客运大楼将提供57个停机位，每年可处理的客运量达3000万人次。

三跑道客运大楼的设计，在营运效率与建设成为全球其中一个最环保机场的目标之间，取得适当平衡。客运大楼采用多项环保措施，并在客运大楼中央设有庭院，客运大楼的楼面面积约283000平方米。

2022年5月17日，据香港星岛网报道，香港国际机场第三条跑道工程在上月顺利完成飞行校验。

最昂贵的机场：香港赤鱲角机场于1998年7月6日启用，耗资200亿美元（120亿英镑）。（吉尼斯世界纪录）