2004年初，针对医药不正之风成为社会热点的形势，策划编发了一系列深度报道。时任中共中央政治局常委、中央纪委书记吴官正在4月23日一版上批示：“这是广大人民群众关心的几个热点问题之一。我看只要认真贯彻落实，医德医风一定会大为好转。”随后，又连续推出三组系列报道，其中“探求广东省中医院十余载先进的奥秘”系列报道，得到卫生部主要负责同志的批示，该部主管的报纸对此予以全文刊发。

2007年两会期间，在看到胡锦涛总书记发表“和谐社会共建共享”重要论述的消息后，迅速部置力量策划编改文章，于总书记消息见报后第二天的理论版上推出专栏，连续4期刊发了12篇文章。中宣部《新闻阅评》第106期对此评价：文章篇幅短小精悍，运用典型说话，文风生动朴实，观点新颖独到，对于引导广大干部群众共同建设、共同享有和谐社会，提供了积极有益的借鉴。

据不完全统计，仅2003年以来，马东伟主持策划、编审的版面共得到吴官正、贺国强等中央领导批示10次12处；中央纪委和有关部委领导批示200多次；中宣部新闻阅评给予好评和肯定10次；其中多篇稿件和版面获得中国新闻奖、全国党风廉政建设好新闻奖、全国人大新闻奖、全国法制好新闻奖等。

分管的专题部被中宣部、人事部等6部门授予“全国新闻工作先进集体”称号；分管的副刊部连年获得中国新闻奖报纸副刊作品金奖、银奖；分管部门和同志获得“全国抗震救灾宣传报道先进集体”“先进个人”称号。

——利用言论这一利器，旗帜鲜明为反腐败斗争鼓与呼，组织策划并撰写大量有份量有影响的评论文章，得到领导肯定，受到舆论关注。

马东伟始终高度重视发挥言论的旗帜导向和匕首投枪作用，多年来紧抓不辍，组织策划并直接撰写了许多有份量有影响的评论文章。经常在值夜班时自己动手配写短评、编者按等。

为推动中央反腐倡廉工作部署的贯彻落实，2002年以来历次部署工作性质的中央纪委全会召开后，中国纪检监察报都及时刊发系列评论员文章。马东伟始终参与主持策划、统稿把关和撰写工作。这些系列评论员文章由于政策理论性高、权威性强，受到领导好评，引起舆论关注。其中，论述第十六届中央纪委二次全会精神的系列评论员文章被评为全国党风廉政建设好新闻特等奖。论述第十六届中央纪委七次全会和第十七届中央纪委三次全会精神的系列评论员文章，人民网开设专栏予以转载。中央宣传部《新闻阅评》2009年第86期评价：中国纪检监察报推出的10篇评论员文章，就学习贯彻胡锦涛总书记在第十七届中央纪委第三次全会上的重要讲话及全会精神，作了及时、全面、深刻的论述，这对学习、贯彻、落实全会精神起到了很好的推动作用。

2002年底，根据跟随中央纪委主要领导调研时了解到的精神，组织策划并撰写了《预防“节日病”系列谈》，得到吴官正等领导的肯定。

2006年两会期间组织撰写树立社会主义荣辱观系列评论员文章。中宣部《新闻阅评》在对中央主要媒体有关宣传报道情况进行阅评时，把本报这一系列评论放在第一位。

主持策划为新时期党员领导干部的楷模、优秀纪检监察干部王瑛先进事迹撰写的系列言论，被新华网等各大网站转载。

为淮南市平圩镇政府干部公款吃喝用办公楼抵偿餐费事件配写的评论员文章《不监管何谈刹歪风》《不严惩不足以治沉疴》，被列为安徽省纪委全会的学习参阅材料，获得全国法制好新闻言论类奖。