保罗·塞里诺（Paul Sereno）等人的2001年研究将马任加鳄归类于Trematochampsidae科。Turner与Calvo的2005年研究则将它们归类于波罗鳄科。目前自成马任加鳄科

白垩纪中后期土伦期大灭绝之后，当时的南美及非洲的棘龙科物种灭绝、而长久以来占据顶级掠食者的巨型鲨齿龙亚科物种也消声灭迹，身体结构更为原始的阿贝力龙科则顶替了的原先巨型鲨齿龙亚科物种的位置成为了当时南美与非洲的顶级掠食者，而鳄目的一个分支——陆栖的诺托鳄类也在这些地区充当起了中小型掠食者，但马达加斯加却是一个例外：有一具玛君龙（Majungasaurus）化石标本显示这头亚成年玛君龙生前颈部被某种大型陆栖鳄攻击并重创，最终由于伤势严重而死于感染。根据颈椎化石上的齿痕迹对比最终确认攻击这头玛君龙的是一头马任加鳄。