2024年1月，兼任复旦大学研究生院院长。

2024年1月18日，复旦大学召开研究生院院长任免宣布会议，任命马余刚同志为研究生院院长。

2024年8月28日下午，中国共产党复旦大学第十六届委员会举行第一次全体会议。会议通过无记名投票，选举产生了新一届校党委领导班子。马余刚当选党委常委。

马余刚领导RHIC-STAR中国组研制完成了基于MRPC型的大型飞行时间谱仪，极大提升了STAR探测器的粒子鉴别能力；与合作者发现了首个反物质超核—反超氚核，发现了最重的（截至2017年11月）反物质原子核—反氦4，首次实现了对反物质相互作用的测量，以上成果两次入选“中国科学十大进展”；提出了原子核Zipf定律，测量了氩核的量热曲线并系统给出了氩核液气临界现象的实验证据；测量获得了22Mg的高激发态双质子发射的实验证据，提出了利用输运模型研究核反应总截面的新方法，提出了轻核α团簇结构的新探针等。

马余刚先后在法国岗城大学核与粒子物理实验室、美国德州农工大学回旋加速器研究所访问研究。

截至2017年11月，马余刚先后主持国家自然科学基金杰出青年基金、科技部973计划项目、国家自然科学基金创新群体项目、国家自然科学基金重大国际合作项目、国家自然科学基金重点项目、中国科学院知识创新重要方向性项目、上海市优秀学科带头人计划、上海市科技发展基金重点项目等。

截至2017年11月，马余刚先后获得国家自然科学奖二等奖（两次），上海市自然科学奖一等奖、二等奖，中国科学院自然科学奖二等奖。

2013年，马余刚指导的博士生薛亮的学位论文《反物质氦4原子核的实验观测及其产生机制研究》入选中国科学院百篇优秀博士学位论文。

2021年，马余刚指导的博士生王秋红的学位论文《利用PandaX二期探测器寻找暗物质》入选中国科学院优秀博士学位论文。

马余刚在浙江大学2018届本科生毕业典礼上寄语学子：一是坚定信念，做自己心中的“超级英雄”。二是追求卓越，成功就会在不经意间追上你。三是强健体魄，保持乐观向上的心态。

马余刚的哥哥马余强是南京大学物理系博士生导师，南京大学固体微结构国家重点实验室副主任，国家杰出青年基金获得者。

马余刚已经成为一名活跃在重离子物理研究领域，在国际上具有较高知名度的中青年科学家。他治学严谨、为人正直、待人诚恳、以身作则，注重科研道德建设，在对青年科技人员和研究生的培养方面取得突出的成绩。（中国科学院上海应用物理研究所评）

马余刚成功领导了高能核物理STAR国际合作的飞行时间探测研制，并在反物质超氚核、反物质氦4核的发现和金-金碰撞的双电子产生的研究做出了先驱性工作。这些成果对理解宇宙早期的物质形态和物质的组成具有重要意义。（国际华人物理与天文学会评选委员会评）