1957年，马公机场实行军民合用，使用C-46客机执飞航线。

1966年，马公机场航站楼启用。

1977年8月1日，马公机场设立马公航空站。

2008年7月4日，马公机场飞往厦门的包机航班开通。

2018年2月，马公机场获批更名为澎湖机场；8月9日，澎湖机场正式揭牌启用。

2019年5月12日，吉祥航空A320客机执飞从上海浦东国际机场直飞台湾澎湖机场的HO1361次航班，这也是澎湖、上海两地互动交流中首条直航航线。