清道光十年（1830年），马占鳌出生于临夏县漠泥沟何家村。7岁从师学经，24岁掌教本坊。

清同治元年（1862年）腊月，率众反清。

同治二年（公元1863年）十二月，河州大河家中心寺阿訇马占鳌相约马海晏等，在西乡举兵抗清。

同治三年（公元1864年）正月，河州回族、东乡族和撒拉等族反清军推马占鳌为统帅，攻克河州城。

同治十年（公元1871年）五月，清陕甘总督左宗棠率清兵40营，派傅先宗、杨世俊、刘明灯等分道进兵河州，镇压反清军。十二月，马占鳌集精锐于太子寺，在城周筑垒，掘长壕防守。

同治十一年（公元1872年）正月，清军与回民军大战于新路坡。马占鳌派马海晏以“黑虎掏心”战术击败清军，击毙甘州提督、总兵傅先宗等30余人。总兵徐文秀于当川铺被重创身死。此役击毙清军参将以上17人。二月，马占鳌以战胜之军派其长子马七十五与众首领子弟及马全祥等往安定见左宗棠请降，缴马3000匹、枪矛6000余件。清廷授予马占鳌等六品军级顶戴，将其部改编为三旗马队，以马占鳌为督带兼中旗管带，马海晏为都标中营步队管带，马悟真为左旗管带，驻防河州，效忠清廷，继续镇压河湟回民义军。