马奈乡属明显的大陆性高原季风气候，其特点是雨季多，日照率高，春季湿润多雨，夏季雨量集中，秋季温和凉爽，冬季干冷多雪。多年平均气温15℃，极端最低气温-19℃；极端最高气温29℃。生长期年平均220天，无霜期年平均194天，最长215天，最短165天。年平均日照时数3547.7小时，年总辐射250.4千卡/平方厘米。年平均降水量606.8毫米，极端年最大雨量670毫米，极端年最少雨量500毫米。

马奈乡境内主要河流为大金川河，由东北向西南流经马奈乡。

马奈乡主要自然灾害有降雪、降雨、冰雹、低温、霜冻、雷击、崩塌、滑坡、泥石流等。雹灾平均两年一遇，最严重的一次发生在2008年5月27日，降雹时间约15分钟左右，涉及境内耿扎村马奈坪社受灾人数19户，78人，受灾总面积达146亩，此次冰雹共造成经济损失9.9万元。

马奈乡境内主要树种有冷杉、铁杉和及其他杂树等，动物有野猪、猴子等，地下水资源可利用量为1984万立方米。

2011年，马奈乡有耕地面积1337.3亩，全部为水浇地。

2011年末，马奈乡总人口1010人。总人口中，男性501人，占49.6%；女性509人，占50.4%。2011年，人口出生率11.88‰，人口死亡率5.94‰，人口自然增长率5.94‰。人口密度为每平方公千米12人。

2017年末，马奈乡常住人口为1010人。

截至2019年末，马奈乡户籍人口为981人。

2011年，马奈乡实现农业总产值433万元。

马奈乡畜牧业以饲养生猪、牛、羊、家禽为主。2011年，生猪饲养量2735头，牛饲养量363头，羊饲养量645只，家禽年饲养量3500羽。

2011年，马奈乡雪梨产量100吨，苹果产量125吨，花椒产量7吨，核桃产量25吨。

2011年末，马奈乡有商业网点2个，职工4人。2011年，社会商品销售总额15万元，比上年增长9.4%。

2011年末，马奈乡有小学1所，在校生78人，专任教师13人。

截至2011年末，马奈乡有综合文化中心站1个，村级文化活动中心2个；各类文化专业户17个；各类图书室2个，藏书2000余册。2011年末，广播站1个，卫星接收器221个。

截至2011年末，马奈乡有学校篮球场1个，经常参加体育活动的人员占常住人口的21%。

2011年末，马奈乡有医疗卫生机构1个；病床2张，固定资产总值600万元。专业卫生人员3人。

2011年，马奈乡有城镇最低生活保障人数14人，支出2.8万元，月人均167元；城市医疗救助11人次，民政部门资助参加合作医疗25人次，共支出0.7万元。农村最低生活保障人数141人，支出11.3万元，月人均67元。国家抚恤、补助各类优抚对象6人，抚恤事业费支出2.7万元，比上年增长11.6%。社会福利费21万元。五项社会保险基金收入合计17.6万元，比上年增长2.1%；基金支出合计0.8万元，比上年增长2.5%。年末参加新型农村养老保险270人，参合率78%。

2011年，马奈乡有邮政业务由乡政府代办，报纸、期刊累计期发行3000份（册）。电信服务网点2个；电话交换机总容量150门，固定电话用户2户，移动电话用户300户。

马奈乡有211省道贯穿全境。

马奈乡因乡人民政府驻地耿扎村，耿扎村驻地为“马奈”而得名。