早年游太学，复从徐积学，寓楚州，卒业于其门。时士习新经，以穿凿放诞为高，存毫无所染，为文雄直。元祐三年，应进士试，考官苏轼甚为赏识，以第四人中第，京师竞传其文。授镇南节度推官。再调越州观察推官。绍圣三年，卒于官。马存诗亦多豪语，尝作《浩斋歌》，费衮谓其有“雕刻工多，意随语尽”之弊（《梁溪漫志》卷七）。金·王若虚批评其《子长游》一文“驰骋放肆，率皆长语”，辞多浮夸（《文辨》）。《直斋书录解题》卷一七著录其有《马子才集》八卷（马廷鸾《题察判学士家集后》称十一卷），今已佚。《全宋诗》卷七八二存诗八首。事迹见《宋史翼》卷二六，《宋诗纪事》卷三二。