在马小曼心目中，父亲马连良为人谦和，对事业兢兢业业，给了她很深的影响。平静的生活很快被文革的到来打破。1966年马连良被迫害致死，马小曼不但失去了最亲的人，她的命运也发生了改变。1968年8月，中国戏曲学校（现中国戏曲学院）的大部分毕业生，被下放到天津部队农场接受再教育。马小曼是67届毕业生，属于“黑五类”，自然在名单之列，被分到葛沽。在农场度过了4年半，终于等到了分配的消息，马小曼被分到了湖南省京剧院（现湖南省京剧团）。

二十世纪九十年代，梅兰芳京剧团（现北京京剧院梅兰芳京剧团）成立。马小曼因酷爱梅派艺术，曾被梅兰芳认作干女儿并收为小徒弟，此时便进了梅兰芳京剧团。梅葆玖耐心地指点她，让马小曼受益匪浅。她终于有了更多的登台机会。随着马小曼在艺术之路上进入正轨，她的个人生活也步入了明媚的春天。1996年，49岁的马小曼步入婚姻殿堂，与被誉为“京胡圣手”的著名京胡演奏家燕守平结为伉俪。