1982年3月4日，马尼拉国际机场转由马尼拉国际机场管理局负责管理运营。

1987年8月17日，马尼拉国际机场更名为尼诺伊·阿基诺国际机场。

1990年，尼诺伊·阿基诺国际机场总体规划获批。

1995年12月，尼诺伊·阿基诺国际机场T2航站楼开工。

1997年，尼诺伊·阿基诺国际机场T3航站楼开工。

1999年5月1日，尼诺伊·阿基诺国际机场T2航站楼启用。

2003年，尼诺伊·阿基诺国际机场T3航站楼停止使用。

2006年3月27日，尼诺伊·阿基诺国际机场T3航站楼部分楼体发生坍塌。

2008年7月22日，尼诺伊·阿基诺国际机场T3航站楼重新启用。

2014年1月23日，尼诺伊·阿基诺国际机场T1航站楼改造工程开工。

2017年，尼诺伊·阿基诺国际机场扩建工程获批。

尼诺伊·阿基诺国际机场T1航站楼于1981年启用，为国际航站楼，由菲律宾国家建筑艺术家莱德罗·洛钦设计；T1航站楼位于机场南部，总建筑面积为67000平方米，设置28个入境服务柜台、16个登机口、18部登机廊桥、13个廊桥机位，可满足年旅客吞吐量600万人次的使用需求。

尼诺伊·阿基诺国际机场T2航站楼于1999年5月1日启用，为菲律宾航空专用航站楼，由巴黎机场设计；T2航站楼位于飞行区跑道交叉处、T1航站楼东北侧，总建筑面积为75000平方米，为二层式建筑；T2航站楼分为南北两翼，其中北翼用于国际航班、南翼用于国内航班，设置12部登机廊桥、12个廊桥机位，可满足年旅客吞吐量900万人次的使用需求。

尼诺伊·阿基诺国际机场T3航站楼于2008年7月22日正式启用，为国际航站楼，由巴黎机场设计；T3航站楼位于机场东北部，总建筑面积为182500平方米，为四层式建筑；T3航站楼设置34不登机廊桥、18个廊桥机位可满足年旅客吞吐量1300万人次的使用需求。

尼诺伊·阿基诺国际机场T4航站楼启用于1948年，为国内航站楼；T4航站楼位于机场西北部，总建筑面积为8800平方米。

尼诺伊·阿基诺国际机场航空货站主要包括菲律宾航空货站（T1、T2之间）、国泰航空货站（T1西侧）、宿务太平洋航空货站（T4南侧）。

尼诺伊·阿基诺国际机场飞行区指标等级为4F，标高23米，民航站坪设个机位；飞行区设置1组交叉跑道，06/24号跑道长3600米、宽60米，为沥青道面；13/31号跑道长2300米、宽45米，为沥青道面。

尼诺伊·阿基诺国际机场是菲律宾航空、宿务太平洋航空、菲律宾航空快运、菲律宾亚洲航空、宿翱航空、梦龙航空、艾斯薇航空、阳光航空、帕斯航空、阿尔法兰航空、皇家之星航空和白金天空航空等12家航司的主运营枢纽。2022年冬春航季，尼诺伊·阿基诺国际机场共有45家航司在此开通94条客运航线，通航29个国家和地区的91座城市，共93座机场。

尼诺伊·阿基诺国际机场T1航站楼设78个人工值机柜台。

尼诺伊·阿基诺国际机场国内航班在预计起飞前45分钟截止办理乘机手续，国际航班在预计起飞前45分钟截止办理乘机手续。

尼诺伊·阿基诺国际机场巴士班车时间每间隔30分钟一班。

马尼拉出租车价格70菲律宾比索起步，每300米收4菲律宾比索的额外费用；固定费用出租车则为仅在马尼拉市内行驶，价格为400菲律宾比索。

尼诺伊·阿基诺国际机场升级改造项目总预算1020亿比索，计划自2021年至2024年分三个阶段实施。2021-22年为第一阶段，对现有机场航站楼进行短期改造和重新分配，使运力从每年3100万人次提高到4700万人次；2022-23年为第二阶段，将扩建2号航站楼和停机坪，使2号航站楼运力翻倍至每年2100万人次，优化3号航站楼的空间和设施，使3号航站楼运力增加至每年2400万人次，第二阶段还将升级机场设备和配套设施；2023-24年为第三阶段，计划建造新航站楼，并继续对现有航站楼进行扩容改造，最终使运力达到每年6500万人次。

当地时间2024年2月27日，马尼拉国际机场管理局(MIAA)报告两架飞机发生机翼擦撞事故，导致两个航班被迫延误起飞。