港内水域狭长，两江会合处宽约4000米，航道宽600～1000米，金牌门最窄处仅350米，面积34平方公里。水深一般3米以上，锚地及航道水深多在7米以上，有大屿、中沙、内拦江沙三处水深3米左右的浅滩，6000吨以上舰船须候潮进出。罗星塔、亭江、琯头、壶江锚地可泊1万吨级舰船，营前锚地可泊5000吨级舰船。罗星塔码头有1万吨级和5000吨级泊位各2个，其余各处码头泊位在2000吨级以下。

马尾港为福州门户，古代从海上进攻福州均由此溯江而上直抵城下，历来为兵家防守要地。民国时期以马尾为军港，先后设闽口要港司令部、马尾要港司令部，下辖闽口要塞各炮台、鱼雷台，常驻舰艇和陆战队。中华人民共和国成立后作为商港和驻闽海军的锚地，驻有护卫艇部队。