1914年，来到黑龙江省，任镇安右将军、督理黑龙江军务兼巡按使朱庆澜的顾问官。同年9月23日，黑龙江省巡按使公署任命他为黑龙江省铁路交涉局总办（驻哈尔滨），管辖松花江以北的铁路交涉事宜。

俄国十月革命后，中国政府陆续收回了中东铁路沿线地区部分行政权。1921年2月5日，北京政府决定设立东省特别区市政管理局，管辖中东铁路沿线各地市政。马忠骏先后任该局副局长、局长。任职期间，颇有政绩。在其主持下，修建了哈尔滨通道大街（即今中山路），并在路旁栽下了大量的榆树。他的夫人还募捐创办了哈尔滨第一女子中学。马忠骏是一位有正义感、富于同情心的官吏，不仅施善济贫，还援助过革命者，时任市政管理局教育科长的高崇民，正从事秘密革命活动，当马忠骏知道有人欲加害于他的时候，给予其资助并设法帮助脱离险境。周恩来来哈尔滨的时候，他也曾通过各种关系给予帮助。

马忠骏宦海沉浮多年，看到军阀混战、官场腐败，产生了对仕途的厌倦。他急流勇退，于1925年9月2日辞去了东省特别区市政管理局局长之职。马忠骏这种隐遁的思想由来已久，他从1914年任黑龙江省铁路交涉局总办时起，至1925年卸任东省特别区市政管理局局长职止，用10余年时间，“于距哈尔滨八里马家屯置地数百亩，自辟林园，莳果菽疏，为晚岁憩息之所”。他称之为“遁园”，即众所周知的“马家花园”。他在遁园不仅栽花、种树、修舍、建亭，而且还仿岳飞墓筑一圆形冢，题名“生圹”。在遁园，马忠骏与当时著名文人墨客、军政要员撰文、吟诗、作画。1925年中秋时节，他将其诗文编辑成册，名为《遁园杂俎》，并刊行。《遁园杂俎》中有文集两卷，共25篇；诗集10卷共1174首。这是研究东北、黑龙江、哈尔滨历史不可多得的资料，也是马忠骏留下的宝贵文学遗产。

1931年之后的东北沦陷时期，马忠骏的爱国表现尤为突出。东省特别区行政长官张景惠等人投靠日本侵略者，马忠骏认为这是卖国。因此，他为避开侵略者和汉奸，终日闭门不出。日伪当局为了利用他的声望扩大影响，千方百计拉拢利诱。伪黑龙江省省长程志远曾任他为伪省公署参议，遭到他的严辞拒绝。他不仅不同日伪同流合污，而且还在马占山、冯占海等东北军爱国官兵坚持抗战的时候，秘密捐款支援。为此，他曾被日本宪兵队逮捕。在身陷之时，日本侵略者对他软硬兼施，但他从容自若，坚强不屈，并一再告诚家人：“千万不能给伪政权当差。”日本人慑于马忠骏身为东北政界元老、德劭望高，不敢加害于他，只好借伪满要员张焕相、熙洽保释之机，勒索重金后释放。他出狱后，仍“宁居乡里，不事日本”，全家迁居遁园。日本侵略者诱迫马忠骏出山之心不死，大特务头子土肥原贤二过去曾与马忠骏相识，他来哈尔滨时要求会面叙旧。见面时，马忠骏十分警惕，毫不为土肥原的“日满亲善”之类言词所迷惑，一再表示“自己年迈，无力报效国家”。坚持不与日本人合作，并且以此教育子孙。每年的正月初五，都要把子女们召集到一起，告诫他们：“不要忘了，我们是中国人，是炎黄子孙”，“是中国人就要保持中华民族的气节，就要对祖国忠贞不渝！”因此，他拒绝将女儿马淑芳嫁给伪满大臣韩云阶，阻止儿子马维圃去日本宪兵队工作，还让其长子维邦、次子维方和孙子佩琏等到克山务农。

日本帝国主义投降后，中国共产党关心他、团结他、帮助他。他对中国共产党深有好感。他钦佩抗日将领李兆麟。当李兆麟将军不幸被国民党特务杀害时，他非常悲痛，并列名为其治丧和送葬。

“土地改革”运动开始之后，马忠骏因自己身为旧中国风云一时的官僚和拥有大量土地而顾虑重重。中共哈尔滨市委根据实际情况和党的政策，征得中共中央东北局李富春、陈云的同意，作出决定，把他的成分定为实业家，采取保护政策。对“马家花园”，哈尔滨市市长刘成栋还签发了“军民人等不得擅自损毁或占用”的证明书，加以保护。

马忠骏对中国共产党和人民政府的关怀十分感谢，为了支援东北的文化事业建设，他把自己珍藏数十年的古籍、文物献给了筹建中的东北图书馆。在解放战争和抗美援朝战争中他的4个子女先后参加了中国人民解放军和中国人民志愿军。中华人民共和国成立，使马忠骏感慨万千，他为自己“历经五朝，年逾八旬，躬逢盛世”而欢欣鼓舞。中国共产党和人民对马忠骏的进步予以充分的肯定。1956年5月，安排他为哈尔滨市政治协商会议委员。

1957年6月1日病逝于哈尔滨，终年87岁。