2013年3月，获大学教资会（UGC）邀请为健康科学领域作研究评审。

2013年10月4日，成为香港大学41年来首位非华人校长。

2017年2月2日，香港大学公布，校长马斐森以个人理由辞职，2018年1月正式离任，离任后任职英国爱丁堡大学校长。

2018年2月，英国爱丁堡大学宣布，马斐森取代迪莫提·奥谢爵士，成为爱丁堡大学新任校长。

2013年9月30日中午，港大校长遴选委员会（港大教务长韦永庚）向全体师生发出电邮，推荐现任英国布里斯托大学医学及牙科学院院长、临床医学专家马斐森教授为港大下任校长惟一候选人，接替即将离任的校长徐立之。在当日通过教务处发给学生的通知邮件中，港大并未解释马斐森教授成为唯一候选人的原因，而只是表示，马斐森将在周五（2013年10月4日）上午10：45至11：45期间，在港大与学生见面，“分享其经历及看法”。遴选委员会主席兼港大校务委员主席梁智鸿对《南华早报》表示，马斐森有能力领导一家大的机构，并推进港大的改革。“我相信他（马斐森教授）能把握好港大的方向，并引领其达到新的阶段。”梁在接受《南华早报》时说。也曾向《星岛日报》表示，港大是国际大学，遴选校长不会考虑其国籍是否华人，港大要找的是“Best for HKU”。

2013年10月1日，据明报报道，香港《明报》记者与仍身处英国的马斐森取得联络，他接受查询时称，对被推荐成为港大校长感荣幸及振奋，能与一流学府结合令他感到无比自豪。他说，若成为港大校长，他会尽最大努力带领大学走到新高峰。

2013年10月3日，综合香港南华早报、亚太日报报道，香港大学新闻与传媒研究中心总监、教授陈婉莹发表公开信，质疑马斐森的资历及其对中国香港地区、中国内地和亚洲事务的认识，“对于一个完全不懂中国以及香港社会运作、中国内地与香港历史、不懂华人社会人与事之间微妙关系，简历上看来和人文和社会科学没有涉猎的校长而言，他要怎样维护一所大学的学术自由？” 陈在其公开信中问到。在这封题为《港大不能在时代的责任前面退却：我对下任校长候选人的看法》的近3000字公开信中，形容不少港大校友、同事都认为港大“值得一个更优秀的人”（HKU deserves better），内容直言对马斐森的资历表示5点质疑：

（1）医学成就仅及格，只做了5年医学院院长，不能说是资深；（2）对中国香港地区、亚洲地区的有关经验近乎零，和香港几乎没任何关系；（3）不懂中文；（4）“使命陈辞”空泛；（5）怀疑将向乌干达应征校长的简历信转发港大。

2013年10月4日上午，马斐森按计划分别与教职员、学生、校友及教务委员会成员会面。答问会于上午9时半至10时半在黄丽松讲堂举行，由校务委员会成员理学院教授郭新及生物科学学院吴国恩一同主持。

2013年10月4日12点，据香港南华早报报道，马斐森在接受媒体采访时表示对面会未感紧张并回应了各界的多项质疑，其中包括称其专业资历有限、缺乏对中国香港地区和中国内地事务的了解、以及作为布里斯多医学院院长，他是否有足够能力领导拥有102年历史的香港大学。在接受记者采访时，马斐森表示，对那些批评他“并非最好选择”的人士，他仍持以尊重。“我认为人们都有权表达自己的意见，我对（他们的）意见表示尊重。我认为（校长）遴选是依照港大遴选委员会订出的各项指标而行。如果我符合了这些指标，那我就已经很开心。“马斐森教授说到。当被问及他将如何捍卫大学的学术自由时，马斐森说：“我想（我会）按照自己的原则，去捍卫大学的核心价值。我会在我工作中的方方面面都做到这点。”对于早前提交的”使命陈词“中，“他将尽力帮助乌干达及其他发展中地区”，马斐森回应称，这并不是一个错误。 “我会乐意在稍后时间更具体地讨论这一问题。”

据亚太日报报道，香港大学医学院校友、立法会议员郭家麒认为，遴选委员会不透明，现时只得一名校长候选人，认为港大不应当校友及师生是橡皮图章，若师生校友都反对马斐森，港大便应立即另觅人选。他认为港大应回应为何最终只得一名候选人，又认为校方及马斐森不能回避陈婉莹的质疑，必须正面回应。另外，郭家麒指他及多名校友都没收到通知，即4日马斐森将与校友会面，质疑港大做法差劣，没尽力通知校友。

据香港《头条日报》报道，遴选委员会全日制学生代表、港大学生会会长邓日朗表示，支持马斐森出任校长。邓日朗指出，自己是其中一名遴选委员会成员，当时亦支持这个决定。他说，出任校长要符合的条件很多，学术成就及管理经验等，他相信对港大而言，马斐森是最佳人选。对于有批评指马斐森没有香港经验及中国经验，邓日朗表示，港大校长一职当时在全球招聘，一定有些海外学者没有这方面的经验，但始终要看一系列的标准，而且管理一间大学，不是单凭校长一人，他自己亦会有管理团队协助。

2013年10月4日18点，据香港大公报报道，获推荐出任港大校长的马斐森先与港大教职员、学生和旧生会面。他承诺，会维护港大价值，又说会尊重教职员对他的批评。据了解，有教职员问他如何做好校长一职，也有人问他，假如有教职员集体投诉系主任，他会如何处理。马斐森表示，校长代表学校，有无限的责任，会认真看待工作，又赞扬港大校长比起英国学府的校长有更多自主权，会好好运用这里的资源。假如校内教职员有纠纷，他会聆听及处理。他又承认自己对香港了解不够深入，但反而认为是他的优势，令他在事件中，会有既定立场，偏袒任何一方，他指自己无预设政治立场，也没有回应是否支持师生参与占中行动，但表示会从家长角度，了解学生的出发点，也会保障师生发言的权利，一旦有师生被捕，会在尊重法治下，提够协助。

马斐森和现任校长徐立之出席会议，与各学院院长见面，并与校务委员会召开会议，决定是否接受遴选委员会的推荐，由马斐森出任校长。最后，校务委员会审议及决定，一致同意任命唯一候选人，马斐森出任下任港大校长，为港大41年来首位非华人校长。校务委员会主席梁智鸿表示，遴选校长的程序历时约2年，校长候选人的有5项条例，包括学术成就、领导才能、环球视野、诚实以及处理人际关系的能力，并表示很高兴校务委员会最后一致同意马斐森的任命。他承认，马斐森有其弱点，但相信可以补救，希望日后港大教职员及管理层与马斐森合作。他又代表港大全体师生感谢现任校长徐立之，过去11年对港大的贡献，为大学奠定发展方向及基础。港大现任校长徐立之任期至2014年2月底。他将是继2000年至2002年过渡期间任校长的戴义安（William Davies）后，港大另一位非华人校长。

马斐森坦言接受质疑，认为大学有不同意见是好事。对于这次任命，他笑言开心和兴奋，亦同时感到松一口气和有点疲累。他盛赞港大是极好的大学，能成为港大校长，是他的荣誉，“我会全力以赴，去展示自己的决心，并证明大家的选择是正确的”。对于自己的弱项，如不够熟悉香港社会、甚至不懂中文，他表示会以多听意见、多学习，并以自己的强项去克服困难，“我是一个学东西很快的人，而且我有很强的沟通技巧，相信有助我克服这些弱点”。又表示，明白有教职员认为关于大学发展的言论太笼统、不具体，他认为只因会面时间太短，难以详尽解释理念，他并承诺会捍卫港大核心价值。

马斐森在港欠缺人脉，向商界筹款能力成疑，但有校内人士指出，港大主要靠大学的整体名声筹款。马斐森上任后，副校长周肇平和发展及校友事务部总监徐咏璇将主力筹款工作。港大校务委员会主席梁智鸿说，大学不是只靠一个人，而是一个队伍，不担心影响筹款数字。

香港大学校友及学生发展总监庄陈有虽认为马斐森会见校友时表现“中规中矩，60分够了”，但表示仅以一次会面判断其是否适合接任港大校长一职不公平。“不能凭一条问题判断他合不合适，”他说：“这要交给遴选委员会判断，或者他学习速度快、知人善任。”前学生会干事，文学院大三学生袁杰诚表示，对马斐森有期望，会观察他上任后表现。他说，马斐森在英国布里斯托大学略有成就，在国际上亦享有声誉，希望他将布里斯托大学优秀传统带到港大。

1997年，获英国肾科协会及美国国家肾脏基金会（Milne-Muehrcke award）颁发“最具前途的年轻研究员”。

2004年，英国肾科协会Lockwood Award（肾科学术贡献）。

2011年，获澳洲及新西兰肾科学会颁发“终身荣誉会员”。

2013年，获英国布里斯托大学医学院“2011-2012基金会”评为“顶级名师”。

香港大学校方曾经全面地向马斐森了解他对学术自由、普世价值和政治等看法，最终评价他的表现“令人满意”。

香港大学校务委员会主席梁智鸿表示，遴委会主要考虑校长人选是否有高学术地位、行政经验，以及对大学是否具有热诚，马斐森是现时最适合人选。

香港大学理学院院长郭新表示，会面中大多询问他对港大将来的计划，做事方法及意念等问题。郭新认为马斐森有多方面经验，尤其在学术水平、教学、行政及研究，有资格、有能力领导港大。

香港大学经济及工商管理学院美籍讲座教授白国礼亦支持马斐森任校长。

人文学科的学者对马斐森评价较负面，他们对马斐森领导大学的能力表示质疑，认为他只是行政人员，欠缺愿景。香港大学新闻及传媒研究中心总监陈婉莹在出席完4日上午的会面后表示，马斐森对提问未有具体答覆，误读本港现时情况，对他的观感并无改变，仍然质疑马斐森是否胜任。

香港大学教育学院讲座教授程介明认为，马斐森是不错的行政人员，但与港大校长仍有距离，担心他只着重行政管理，令港大不进则退。表示马斐森缺乏视野，要做校长“差一大截”。 据星岛日报网报道，程介明认为，马斐森对大学无梦想，欠缺学术眼界，视野未能超出行政角度，犹如只想“做好这份工”。 程介明还说，不满意马斐森对其提问英国高等教育制度的回应，认为对方作为大学校长的话，难以带领港大寻求突破。

校长遴选委员会成员卢宠茂批评马斐森“无知、无能、无心”，认为他对中国香港地区、中国内地无认识，是为无知；不懂中文，不能与中国香港地区以至内地社会各界沟通，是为无能；非为港大放眼世界，是为无心。他指，对于校长任命已成为事实，感到十分无奈和难过。