1252年，沙贾拉·杜尔宣布废除年幼国王，由艾伊贝克担任埃及马穆鲁克王朝第一任国王，她仍掌握实权。1257年，因宫廷夺权之争，艾伊贝克和沙贾拉·杜尔先后丧生，由艾伊贝克之子阿里继埃及王位。而在这次危机中，发挥重要作用的则是马穆鲁克军团，不仅如此，在阿尤布王朝时期，为了抵御法兰克人率领的十字军的袭击，马穆鲁克己经开始崭露头角，成为埃及一叙利亚联合政权国家的新兴力量，这一联合国家从此进入了马穆鲁克王朝时期。

马穆鲁克王朝前期，在国王古突兹、拜伯尔斯、卡拉温先后执政时，在抗击蒙古人侵略和驱逐十字军的斗争中取得重大胜利。

1260年，苏丹古突兹（1259-1260在位）及大将拜伯尔斯率埃及军在约旦河左岸贝桑附近的艾因·扎鲁特战役中大败蒙古军。从此遏制了蒙古人对西亚和北非的侵略。埃及马穆鲁克王朝真正的奠基者拜伯尔斯（1260-1277在位）即位后，采取“远交近攻”的政策，与钦察汗国结盟，与拜占庭修好，集中力量孤立和打击十字军。

1263年，他从阿尤布家族手中夺取卡拉克作为军事基地，后捣毁了拿萨勒的神圣教堂。

1265年，他攻占凯萨里耶及艾尔苏夫，守城的医院骑士团投降。

1266-1268年，拜伯尔斯先后攻占萨菲德、亚法、沙基夫·艾尔农等城市，于1268年攻克安条克（安条克之战），俘虏的十字军被杀，城堡和基督教堂被毁。

1271年，拜伯尔斯攻占慈善院骑士团的堡垒希斯尼·艾克拉德，并占领和摧毁了叙利亚阿萨辛派的麦斯亚德、盖德木斯等军事设防要塞。

苏丹嘉拉温（1279-1290在位）执政时，继续抵抗蒙古人和打击十字军。蒙古伊儿汗阿巴哈乘马穆鲁克人内战，入侵叙利亚，攻占阿勒颇、哈马等地。

1281年10月，卡拉温率埃及军在霍姆斯战役中打败了蒙古军，收复了叙利亚失地。

1285-1289年，卡拉温先后攻占十字军占领的麦尔凯卜、的黎波里、贝特伦等要地。

1290年，卡拉温在准备进攻阿克城时去世，其子阿什拉夫继位。

1291年5月，阿什拉夫集中优势兵力，夺取阿克城，灭耶路撒冷王国（阿卡围城战），后又攻占十字军占领的提尔、西顿、贝鲁特、安塔尔图斯、阿斯里斯等城市和要塞。

1300年，十字军势力趁着与蒙古人及奇里乞亚亚美尼亚王国的联合行动，在艾尔瓦德岛建立了据点，作为十字军行动的最后堡垒。1302年夏季，马穆鲁克王朝军队对圣殿骑士团占据的艾尔瓦德岛发起进攻，守军于9月26日投降并遭屠杀。（艾尔瓦德岛战役）

至此，十字军在东方的侵略势力被彻底清除。埃及马穆鲁克王朝势力又向南深入努比亚，伊斯兰教在该地得到进一步传播。

从14世纪末起，马穆鲁克后期大多数国王或懦弱无能，或骄横暴戾，挥霍无度，权臣及军队将领争权夺利，国家陷于分裂，动乱迭起。

1400-1401年，帖木儿率大军打败埃及马穆鲁克国王法拉吉的军队，袭击叙利亚北部后大加洗劫，主要建筑被夷为平地（叙利亚战争）。

15世纪末期，马穆鲁克王朝出现了一定的复兴，于1485—1488年的阿达纳战役中大败奥斯曼土耳其帝国。

1509年，马穆鲁克王朝与西印度土邦联合，对战葡萄牙人，战败于第乌海战。

1516年8月，土耳其人在阿勒颇北面的达比克草原战胜埃及马穆鲁克军队，征服了整个叙利亚（达比克草原战役）。

1517年1月，奥斯曼帝国苏丹赛利姆一世（1512-1520在位）率土耳其军与埃及马穆鲁克王朝末代国王图曼贝伊的军队在开罗城郊决战（瑞达利亚战役），图曼贝伊全军覆没，埃及马穆鲁克王朝灭亡。

马穆鲁克人是由各地雇得的佣兵组成，特别是钦察人，偶尔也有希腊人、斯拉夫人、库尔德人，甚至有些西欧的拉丁人，他们大多数完全不懂阿拉伯语。马穆鲁克王朝建基于一个二元政府，军事上由雇佣兵负责，他们不许当地人充任佣兵，民政和军事都是由佣兵负责，手下有当地文书人员负责。在传位方式上，前期是世袭。在1383年开始，由势力最大的将军出任苏丹。有些像德里苏丹国。

马穆鲁克军队的军官被称为埃米尔。军官的等级称为imra，埃及作为整个马穆鲁克王朝的中心，王朝内的埃米尔分为以下几个等级：

最高级别的军衔是统领千人的埃米尔，这类埃米尔可以拥有100名骑兵并且可以在战场上指挥1000名哈勒嘎的士兵。埃米尔拥有马穆鲁克的数量按其级别不同而数量不一。而马穆鲁克王朝的重要职位也是从最高级别的埃米尔中进行挑选来担任。

第二级别的军官是统领40人的埃米尔。

埃及马穆鲁克王朝实行军事分封制，把大批土地以“伊克塔”（即采邑）分封给贵族和将领，作为他们平时任职、战时服役的报酬。后“伊克塔”可作为世袭领地继承。王朝建有庞大的正规军和近卫军，作为统治的支柱。各地长官均由马穆鲁克军官担任，掌管地方行政、军事和税收大权。

王朝前期，经济在东方居重要地位。兴修水利，改进耕作技术，农业相当发达。埃及和叙利亚的铜器、玻璃、纸张、地毯等传统手工业，达到很高水平。埃及开罗、亚历山大港、大马士革商业发达，店铺林立，商贾云集，东西交通大开，同东、西方国家进行转口贸易，从中收取巨额关税，用以支付行政、军事和城市建筑费用。

15世纪起，经济衰落，使国库空虚，财政支绌。

埃及马穆鲁克王朝以伊斯兰教逊尼派为国家宗教，穆斯林大多遵奉沙斐仪学派教法学说。为确立马穆鲁克人在政治、宗教上统治的合法性，王朝恢复了伊斯兰教的哈里发制度。1260年国王拜伯尔斯将阿拔斯王朝皇室的后裔艾布·卡西姆推出，经宗教界组成的委员会确认，树他为“穆斯林的哈里发”，取封号“穆斯坦绥尔”（即求安拉赐胜利者），再由这位哈里发册封和授权苏丹执政。并规定将哈里发和苏丹的名字铸在钱币上，主麻日聚礼同时向哈里发和苏丹祈祷。哈里发主管宗教基金，为苏丹主持加冕礼，保管先知穆罕默德的遗物绿色斗篷和拐杖。从1260-1517年，在埃及共有16位傀儡哈里发先后在位。逊尼派四大法学派得到官方承认，设立四大法官制度，各派选派1名总法官。苏菲主义极其盛行，埃及有巴达维、沙兹里和杜苏迪等教团，在各地建有扎维耶、学校和谢赫陵墓，开罗、坦塔、亚历山大、大马士革等城成为苏菲派的传教中心。王朝设宗教基金，在各大城市兴建清真寺，其中著名的有苏丹·哈桑清真寺和穆艾耶德·希哈布丁清真寺，其建筑艺术受到叙利亚一美索不达米亚学派的影响。除发展清真寺附设的宗教大学外，还在开罗和大马士革等城市创建有《古兰经》及圣训学校、罕百里教法和沙斐仪教法学校，专门培养宗教学者和法官。埃及爱资哈尔大学仍为伊斯兰世界最高学府。在教义学、教法学、历史学和医学等方面均取得重要成就。埃及教法学家伊本·泰米叶，著有500部著作，发展罕百里派的教法学说，提出凭《古兰经》立教，纯洁伊斯兰教的复古主义主张，成为伊斯兰复兴运动的思想先驱。埃及圣训学家和法学家贾拉鲁丁·苏尤蒂著有560多种著作，著名的是《古兰经学》。埃及史学家艾布·菲达撰有《人类史纲要》。埃及史学家伊本·麦格里齐著有《埃及志》。埃及传记作家伊本·赫里康著有《名人传记》，记述了865位穆斯林名人的生平，埃及医学家伊本·拉菲斯著有《医典解剖学注释》，阐述了血液小循环的理论。史学家称埃及马穆鲁克王朝是中世纪最后一个“闪烁着伊斯兰文明余辉”的穆斯林国家。

埃及马穆鲁克王朝历时200多年，传位47代国王。

王朝分为前、后两个历史时期。

前期（1250-1390）由埃及伯海里系马穆鲁克执政，主要为埃及突厥人，国王大多为世袭。

后期（1382-1517）由埃及布尔吉系马穆鲁克执政，主要为埃及切尔克斯人，实行国王推举制。王朝强盛时辖地包括埃及、叙利亚、巴勒斯坦、耶路撒冷沿海一带及希贾兹地区。