80年代末，30名官员被选派到西欧考察，一年之后，包括14支州队和文莱、新加坡2支国家队的全新联赛开幕，称之为“马来西亚半职业联赛”，为亚洲最早开始职业化的联赛。

90年代初期，马来西亚联赛基本上被各种赌博集团所控制，看出的盘口各种各样，赌博的花样百出。据马足总统计，1994年马超级联赛的240场比赛，高达85%的场次战果被操纵，只有36场是清白的。1994年马足总掀起了著名的“大清洗”运动，短短几个月时间，逮捕并且处罚了85名球员和教练，几乎涉及所有俱乐部，而当时整个马来西亚联赛，仅仅只有400名左右的球员。

在2017年年底亚足联官方网站公布的该年度最后一期亚足联技术评分中，马来西亚的评分超过了中国香港，因此获得了2019、2020赛季的一个亚冠正赛名额，这一名额归属于联赛冠军球队。此外，马来西亚还有一个资格赛名额，归属于联赛亚军。作为2017～2018马来西亚超级联赛冠军，柔佛新山成为第一支参加亚冠小组赛的马来西亚球队。