马步青的防地是武威、景泰、古浪、永登、永昌、民勤等县，他的骑五师共辖三个旅（两个骑兵旅、一个步兵旅），和师直属的炮兵团、工兵团和特务营等，师部在武威。

1936年10月，红军到达靖远县境内，准备渡河西进，马步青沿黄河北岸布防。从线过长，防区辽阔来看，他的兵力显然是很不够用的。但他认为红军远征，疲于奔命，而他以逸待劳，又有黄河天险，阻挡起来万无一失。于是任命他的参谋长马廷祥为前线作战指挥官，把他的三个旅都布置在沿黄河北侧，每一个渡口设一据点，派骑兵二十名：每一据点的后面二、三十里处派骑兵四十名作为后备军，紧急时可飞驰增援。并以红石咀、三角城、五佛寺三大渡口为重点，派重兵把守。

10月7日，红三十军全部渡过河先后占领了糜滩、中和堡、北湾等据点。三天后，西路军共两万多人全部渡河。马军全线被击溃，狼狈向一条山方向逃窜。马步青只得向马步芳求援。马步芳派马元海等三个骑兵旅，一个步兵团和两个民团来援。与马步青师共计约两万多人，联合抗击红军。红军在吴家川等地打败敌人之后，兵分两路，突围西进。一路由干柴（音洼）、横梁山、黄羊川直逼古浪县城；一路由大靖至土门子驻扎，成犄角之势，进逼武威。

红军考虑到古浪城垣倒塌好据守，但是受到追随的马军和马步芳支援的马军合击，第九军几乎全军覆灭，军长战死，遂于当天晚上十点钟顺着古浪河东岸的长流渠往北转移，与驻土门子的红军会合，马军在西岸观看，未敢阻击。第二天早晨，马军进入古浪城。因为打仗，城中群众大部分已逃往乡下，马军借口搜查红军伤病员，砸开房门翻箱倒柜，抢劫掳掠。未及逃避的的家遭了大殃，有的妇女被奸淫，有的受到拷打甚至枪杀。因为古浪群众欢迎了红军，马步青下令要焚城，于是商业较集中的南街放了火，大火烧了十多日，一条南街被烧成瓦砾场。

骑五师的大部分军队已调大在古浪以东，武威城防空虚。马步青请他的弟弟马步芳调来驻防嘉峪关外的刘呈德团负责旧城的城防，又配备以骑五师的少数部队。兵力不够，又再城内商号和居民中抽拔了部分壮丁，每晚打着灯笼火把在城上巡守。马步青师部在新城守城的有直属炮兵团，从前线退回的祁明山步兵旅和青海调来的两个民团。当红军逼近武威城下时，马步青十分恐慌。正在形势危急时，忽然接到红军总指挥徐向前和军长董振堂的来函，大意是说：红军假道出关，打通国际路线，无意攻取武威，希勿阻击。这封来函正中马步青下怀，虽未明确答复，但只要是红军不攻武威，他也不再去自讨苦吃。11月下旬红军先头部队已抵武威，果然未来攻城，从城南和城北四、五华里外绕道西进，随后，红军大部队日夜不停地通过了武威。

红军的主力部队已西进至永昌，马部追至武威县西的四十里堡，始追上红军的掩护部队。城内红军粮食缺乏，无力据守，遂于一深夜放弃永昌，突围向西进发。马元海为了邀功请赏，谎报军情说：“攻克了永昌城，俘获杀伤红军甚多。”马步青等急忙报告蒋介石，得到了蒋介石的通令嘉奖。红军离开永昌西进后，马步青认为出了他自己的防地，为了保存实力，借口部队要休整，于是调回了他的部队。

1936年8月，马步青派其驻平（即北京）办事处长居益三到日军司令部，说为了对抗日前正从陕西方面西进的共产军，欲从日本购入三八式步枪一千支、子弹一百万发。后又于1936年12月提出与马步芳各自追加购买三八式步枪一千支（附带枪刺及配件）、子弹一百万发。并于1937年1月购入日本32年式军刀甲（骑兵用）五千付。

1937年马步青任甘青公路督办期间，利用职权无偿征用民夫和士兵，挪用公款进行挥霍，后来又把持甘青公路河西段，对通过河西的中苏贸易物资和人员百般刁难，“当时沿甘青公路运输多有不便，而且要经过马步青的防地，还怕马步青军队的阻拦。因此，便由国民党第八战区司令部电告马步青，说明这是交由苏联的易货羊毛，希妥为保护。为了便于识别，每队车辆和骆驼，均发给贸易委员会西北办事处的护照一张，旗帜一面。行驶一段时间尚无问题，但后来马步青又提出刁难，说什么马蹄伤路，不准行驶。经多方交涉，方准通行。”这明显严重影响了抗战的大局，势必会妨碍蒋介石的西北战略构想的实施，于是蒋介石开始设法将马步青调出河西走廊。

马步青历任国民革命军陆军骑兵第5军军长，陆军第40集团军中将副总司令，蒙藏委员会委员等职，抗战时期隶属于第八战区东路指挥部，国民政府命令他们抽调一个骑兵师到前线作战，马步芳将驻守在青海南部的马彪主力师大部，加上常年在河西征战的马步青骑五师的精锐第二旅，共约8000余人组成暂编骑兵第一师，由“青马”老将、马步芳的叔父马彪指挥，调驻潼关，担任保卫陇海线铁路运输安全的任务。1938年6月，日军攻占河南开封，骑一师奉命入豫作战，破袭多处日伪据点，连战皆胜，并负责督办整修兰新公路。1938年日军开始轰炸武威，就把家眷迁回老家临夏居住。

1940年10月甘肃省组织了禁烟检查团，分四组对全省的禁政效果进行全面检举评估。第四组负责检查河西地区。在禁种方面，马步青声称：“河西各县烟苗，早于二十七年，遵照中央命令，提前禁绝己两年，无一茎一苗发现。所有禁种工作，可负完全责任”。第四组组长戴建标的考察也印证了这一点，“由于受驻军的协助，禁种效果非常明显”。可见，河西的禁种的确取得了效果。令人困惑的是，河西在禁种之前为甘肃重要产烟区，烟土充斥于途，是地方军阀谋取则源的重要手段，但为什么此地的鸦片种植能很快绝灭呢？戴建标给出的解释是：“传说驻军当局听某谋士之建议，河西各县遵令禁种，一方面可以取得中央好感，一方面境内积存过剩之烟土，不出一年，烟价骤然增涨，再将民间存土集中起来，定可获利倍徒。”

1942年4月，蒋介石任命割据河西十一年之久的马步青为柴达木屯垦督办，令所属骑5军移防西宁，乘机派杨德亮十六军进驻河西走廊，接替河西防务。从此蒋介石控制了这形胜之地，从军事上控制西北军阀的战略要地。蒋介石调马步青出河西，这不仅使蒋氏势力深入了“诸马”军阀的腹地，而且也利用了“青马”内部素有的矛盾，使其实力内耗便于控制。

马步青到西宁后，受到其胞弟马步芳的排挤，骑五军军长之职在马步芳的提议下，改由其外甥马呈祥出任。马步青失去实权，柴达木屯垦督办公署成了空架子。1944年，马步青亲至察汗乌苏料理屯垦事宜，握有党政军大权的马步芳只派了一营卫队和裁汰下来的老弱军官佐400多人随行。马步青在柴达木期间，遇到的难题越来越多，勉强在察汗乌苏修建了一座院落以为住所，但屯垦之事困难重重，难有进展。马步青始悟自己被人愚弄，气愤难当，遂于同年秋返回原籍河州，柴达木屯垦督办公署随后被取消。

把在武威搜刮来的大量金银、烟土及布匹、药品等运往临夏，用重金大兴土木，修建庄园。东公馆占地200余亩，古建筑156间，建筑面积约5860平方米。1938年动工，1945年建成。本来已在临夏花580多万元在城区及北埂、东西川大量购置产业，共计购买庄窠190余院，土地1.6万亩，小磨46盘，还扩建铺面500余间，店院20座，并买了一些树滩、土地。每年仅房地产收入就有50万元。但并不能满足过军阀地主的奢侈生活。正室妻子马素琴死后，虽然还有两房李姓夫人，但又于1944年娶兰州著名秦腔演员张筱英为妻。张氏提出回临夏后不住东公馆，必须再修别墅。为满足她的要求，便强行购买临夏城西几个村庄的500多亩土地，迫使73户人家搬迁。

1949年8月在解放军进军临夏时，携家眷逃往西宁。西宁解放前又逃往重庆，后经香港到台湾定居。

中华人民共和国成立后，马步青在台湾历任防务部门中将参议，台湾地区领导人办公室政策顾问，国民党中央评议委员等职。

1977年2月9日因病死于台北市，终年79岁。

马步青发迹于甘肃河州，经过风云变幻的政治斗争，逐步压倒宗教势力；他们所统的军队和官职，多为父死子继，兄终弟及；相互间又多姻娅相亲，“一荣俱荣，一枯俱枯”，有共同的利害和共同的敌友。他们往往关键时刻相互支持，一致对外，维护共同的利益不过，他们之间亦有矛盾与斗争，在权势、地盘、资财面前，各不相让，即使父子兄弟之间，也勾心斗角，彼此防范，其关系相当复杂。马步青被其胞弟马步芳排挤出政坛后，就逐渐在政治上失去了影响力。

东公馆位于临夏市城东南角环城东路35号，三道桥广场以东六十几米处，占地面积约两百多亩，包括 素琴女校、果园、菜园、水磨、避暑山庄（黄家榨）等。现为甘肃省省级文物保护单位。

蝴蝶楼有两座，一座位于武威市凉州城东郊，古色古香，属于武威市文物保护单位，另一座位于临夏市西南，前河沿路西端。建于1944年，系西北军阀马步青为其四姨太张筱云修建的一座十分豪华的巨型庄园。初建时取名永乐园，继改作勤安楼，建成时因主楼形似蝴蝶，故名。

蝴蝶楼整个建筑风格独特，雕梁画栋，集传统木质建筑之大成，聚园林工艺之精华。建筑结构中，没有使用一枚铁钉，设计新颖，工艺精湛，保存完好，既富有民族特色又别具一格。一直被视为建筑艺术之精品，至今依然熠熠生辉。现为临夏市文物保护单位。