马特乌斯·库尼亚曾效力于莱比锡红牛足球俱乐部、锡永足球俱乐部、柏林赫塔足球俱乐部、马德里竞技足球俱乐部。

2017年，库尼亚加盟瑞士球队锡永，并在锡永开启了自己的职业生涯。

2021年8月，库尼亚以2600万欧元的转会费加盟马德里竞技足球俱乐部。

2022年12月23日，狼队主帅洛佩特吉证实，库尼亚将加盟狼队足球俱乐部。12月26日，狼队官方宣布，库尼亚从2023年1月1日起租借加盟球队，包含强制买断条款。他将身披球队12号战袍。

2023年3月18日，英超第28轮，库尼亚在第73分钟抽射破门，打入狼队生涯首球、英超生涯处子球，最终狼队在主场2-4负于利兹联。

2023年9月30日，英超第7轮，库尼亚助攻黄喜灿进球，帮助狼队2-1击败曼城。10月21日，英超第9轮，库尼亚破门，帮助狼队在客场2-1逆转击败伯恩茅斯。11月11日，英超第12轮，库尼亚助攻，帮助狼队在主场2-1战胜托特纳姆热刺。12月2日，英超第14轮，库尼亚扳回一球，最终狼队1-2不敌阿森纳。12月6日，英超第15轮，库尼亚助攻黄喜灿破门，帮助狼队在主场1-0战胜伯恩利。12月9日，英超第16轮，库尼亚门前推射得分，帮助狼队在主场1-1战平诺丁汉森林。12月30日，英超第20轮，库尼亚传射，帮助狼队在主场3-0大胜埃弗顿。