1999年在马里博尔队宣布退役后，次年便成为该队主教练，并在该队执教至2006年。

从2006年起，马特贾斯·科克的执教才华收到斯洛文尼亚足协的赏识，成为斯洛文尼亚U15、U16国家青年队主教练。

2007年1月3日特贾斯·科克被正式任命为斯洛文尼亚国家队主教练，2010年南非世界杯预选赛上，斯洛文尼亚队在小组赛中发挥出色，他们主客场两胜后来获得小组第一的斯洛伐克队。在附加赛中，他率领斯洛文尼亚国家队两回合2比2与俄罗斯战平，凭借客场进球的优势获得了参加南非世界杯赛的资格。