1983年，马瑾在美国地质调查所作访问学者。

1997年，马瑾当选为中国科学院院士。

2003年，马瑾领导组建了地震动力学国家重点实验室（中国地震局地质研究所）。

2018年8月12日7时50分，马瑾在北京逝世，享年83岁。

20世纪60年代，马瑾开始研究褶皱构造应力场及其形成机制，并应用含油构造分析中。结合地震需求又转向断裂形成机制研究，得到了断层几何与失稳类型及前兆特征的关系、断层物质类型与断层活动性状的关系以及环境因素的交叉影响等有价值的结果。围绕缝（断）块系统的变形与地震活动性开展了一系列研究，揭示了板内地震过程的一些特点，在地震预报实践中发挥了作用。

1958年赴前苏联深造时，马瑾就开始对“构造物理学”这一新兴边缘学科的研究工作。20世纪60年代初，她关于褶皱和断层成因机制及应力场的实验研究，不仅在中国构造地质研究中具有开拓意义，并受到前苏联和日本等国学者的重视，在石油会战中，她提出岩性组合决定构造变形特征的新认识，加深了对构造变形规律的认识，并在油气构造研究中起到了指导作用；20世纪70年代，她率先开展了构造变形与地震成因机制及地震前兆的实验研究，这一研究在中国地震构造物理学的发展中具有开拓意义，以此为基础的研究成果，如构造控震作用与地震迁移的准则和类型、水库地震类型与断层类型的关系、地震前兆和后效的概念、地震前兆类型与构造类型的关系等，都是有创新性的研究；20世纪80—90年代，她对缝块系统变形特征、物理场演化及其与地震活动关系等问题进行了实验与理论研究；关于断层宏观力学性状与断层物质微观变形机制的实验研究，是中国国内高温高压岩石摩擦及实验岩石变形显微构造方面最早的研究成果。

以实验研究为重要基础的构造物理学，科研上的创新需要实验技术的不断发展。作为主要负责人，马瑾领导建立了可研究地壳和上地幔物质物理力学性质、变形过程及其物理响应的构造物理实验室，该实验室在实验构造物理学和高温高压岩石力学研究中取得了成果，推动了中国相关学科的发展。

截至2018年8月，马瑾先后在中国国内外学术刊物上发表学术论文200多篇，著有《构造物理学概论》等著作。

作为女科学家，马瑾给年轻女科技工作者提出意见：科学研究其实是很有趣的，只要你有好奇心，什么时候学习和努力都不晚。只要赶走了脑子里的“男尊女卑”，又有好奇心，肯坚持，巾帼就会超过须眉。她也时常呼吁社会给予女性科研工作者更多的关注。

在青年人才的培养中，马瑾鼓励创新思维和学术争鸣，努力创建宽松和谐的学术氛围，并尽力为年轻人创造学习和交流的机会。对于一个涉及地质和地球物理研究、机械和电子技术应用的实验室，团结协作的集体是最重要的。因此，她强调团队精神的培养，并以身作则，努力建设一个人格上人人平等、工作上各尽所能、学术上鼓励争鸣、生活上相互关心的充满朝气与活力的研究集体。

马瑾认为：扎实严谨的研究是科学创新的基础，对于以观测为基础的地球科学，翔实的资料和严格的分析是科学发展的关键。要做到这一点，需要有脚踏实地、严谨求实的治学风格，在马瑾的研究生涯中，这种风格清楚地表现在她的两个特点上：第一，尽管她的研究以实验为主，但她认为实验和理论研究不能脱离实际，因此她较为重视野外调查。第二，她重视第一手资料的获取，对于自己承担的每一项课题，始终坚持参加从原始数据获取到资料计算处理，再到结果分析讨论的全过程，而不是坐等别人提供资料来总结。对于研究生论文的审查，她也是从最原始的资料开始进行，对于每个研究生，她都要抽时间参加其实验或计算等实际工作。

马瑾作为中国科学院地质研究所大地构造物理学专业第一位博士生导师，截至2018年9月，先后培养博士、硕士研究生20多人。

马瑾关于褶皱和断层成因机制及应力场的实验研究，在构造地质研究中具有开创意义。她参与的“断裂—地块系统变形特征、物理场演化及其与地震活动关系”等课题研究对中国地震构造物理学的发展具有里程碑意义。她领导的“构造变形与地震成因机制及地震前兆”实验研究和她提出的“亚失稳理论”为地震的物理预测研究开拓了思路。（光明网评）

马瑾是中国构造物理与构造地质学科的开拓者和奠基人，她的一生不断拓展研究领域，在构造变形过程和机制、构造物理理论方法和实验、地震机理和预测等领域做出了卓越贡献，学术造诣享誉海内外。她提出的相关理论为中国的地震预测研究走向物理预测开拓了重要的方向。（新华网评）